如何找出在R中加载了哪个包版本?

我正在研究如何使用我的大学集群。它安装了2个R版本。系统范围R 2.11 (Debian 6.0)和R 2.14.2在非标准位置。

我正在尝试使用MPI和雪。我要运行的代码如下所示

library(snow)
library(Rmpi)
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size()-1)
stopCluster(cl)
mpi.quit()

它在r2.11上没有任何问题。(我用mpirun -H localhost启动脚本，n1,n2,n3,n4 -n 1 R——slave -f code.R)。现在，当我尝试用R 2.14.2来做这件事时，我得到了以下消息:

Error: This is R 2.11.1, package 'snow' needs >= 2.12.1
In addition: Warning message:

所以R似乎加载了为r2.11编译的snow版本包。我已经在r2.14下将snow安装到我的主文件夹中，并在代码中添加了以下代码行:

.libPaths("/soft/R/lib/R/library")
.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.11")
print(.libPaths())
print(sessionInfo())
print(version)

错误之前的输出确认我确实在运行R 2.14.2，我的R packages文件夹在搜索路径的第一个。但我还是得到了错误。

我的问题是，如何确定R中加载的是哪个版本的包?我可以看到安装。包所有的包，其中安装，所以也许有一些功能，列出类似的信息加载包?

当前回答

Search()可以给出一个会话中附加包的更简化的列表(即，没有sessionInfo()给出的详细信息)

搜索{base}- R文档描述:给出附加包的列表。Search ()

search()
#[1] ".GlobalEnv"        "package:Rfacebook" "package:httpuv"   
#"package:rjson"    
#[5] "package:httr"      "package:bindrcpp"  "package:forcats"   # 
#"package:stringr"  
#[9] "package:dplyr"     "package:purrr"     "package:readr"     
#"package:tidyr"    
#[13] "package:tibble"    "package:ggplot2"   "package:tidyverse" 
#"tools:rstudio"    
#[17] "package:stats"     "package:graphics"  "package:grDevices" 
#"package:utils"    
#[21] "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"         
#"package:base"

2018-01-13 17:15:32

其他回答

从技术上讲，目前所有的答案都是错误的。packageVersion不返回加载包的版本。它进入磁盘，并从那里获取包的版本。

这在大多数情况下不会有什么不同，但有时会有。据我所知，获得已加载包版本的唯一方法是:

asNamespace(pkg)$`.__NAMESPACE__.`$spec[["version"]]

其中PKG为包名。

编辑:我不确定这个函数是什么时候添加的，但你也可以使用getNamespaceVersion，这是更干净的:

getNamespaceVersion(pkg)

2016-05-22 00:07:35

要检查R的版本，执行:R——version

或者在R shell中打印版本$version.string的内容

EDIT

要检查已安装包的版本，请执行以下操作。

加载库之后，可以执行sessionInfo ()

但是要知道所有已安装包的列表:

packinfo <- installed.packages(fields = c("Package", "Version"))
packinfo[,c("Package", "Version")]

或来提取特定的库版本，一旦您使用已安装的。如上所述的包函数只是在矩阵的第一维中使用包的名称。

packinfo["RANN",c("Package", "Version")]
packinfo["graphics",c("Package", "Version")]

上面将打印RANN库和图形库的版本。

2012-06-19 14:32:09

老问题，但答案中没有我最喜欢的命令，以快速和简短的概述所有加载的包:

(.packages())

要查看所有加载的包安装了哪个版本，只需使用上面的命令对installed.packages()进行子集化。

installed.packages()[(.packages()),3]

通过更改列号(包版本为3)，您可以以易于阅读的矩阵形式获得存储在installed.packages()中的任何其他信息。下面是版本号和依赖项的示例:

installed.packages()[(.packages()),c(3,5)]

2019-10-04 12:12:25

只需使用帮助(package="my_package")并查看显示的版本。

这假设相同的. libpaths中没有其他包版本。

2019-04-03 02:10:57

根据前面的回答，下面是打印R-version的一种简单替代方法，后面是命名空间中加载的每个包的名称和版本。它可以在Jupyter笔记本上工作，在那里我在运行sessionInfo()和R—版本时遇到了问题。

print(paste("R", getRversion()))
print("-------------")
for (package_name in sort(loadedNamespaces())) {
    print(paste(package_name, packageVersion(package_name)))
}

Out:

[1] "R 3.2.2"
[1] "-------------"
[1] "AnnotationDbi 1.32.2"
[1] "Biobase 2.30.0"
[1] "BiocGenerics 0.16.1"
[1] "BiocParallel 1.4.3"
[1] "DBI 0.3.1"
[1] "DESeq2 1.10.0"
[1] "Formula 1.2.1"
[1] "GenomeInfoDb 1.6.1"
[1] "GenomicRanges 1.22.3"
[1] "Hmisc 3.17.0"
[1] "IRanges 2.4.6"
[1] "IRdisplay 0.3"
[1] "IRkernel 0.5"

2016-02-24 16:49:23

如何找出在R中加载了哪个包版本?

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