我正在研究如何使用我的大学集群。它安装了2个R版本。系统范围R 2.11 (Debian 6.0)和R 2.14.2在非标准位置。
我正在尝试使用MPI和雪。我要运行的代码如下所示
library(snow)
library(Rmpi)
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size()-1)
stopCluster(cl)
mpi.quit()
它在r2.11上没有任何问题。(我用mpirun -H localhost启动脚本，n1,n2,n3,n4 -n 1 R——slave -f code.R)。现在，当我尝试用R 2.14.2来做这件事时，我得到了以下消息:
Error: This is R 2.11.1, package 'snow' needs >= 2.12.1
In addition: Warning message:
所以R似乎加载了为r2.11编译的snow版本包。我已经在r2.14下将snow安装到我的主文件夹中，并在代码中添加了以下代码行:
.libPaths("/soft/R/lib/R/library")
.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.11")
print(.libPaths())
print(sessionInfo())
print(version)
错误之前的输出确认我确实在运行R 2.14.2，我的R packages文件夹在搜索路径的第一个。但我还是得到了错误。
我的问题是，如何确定R中加载的是哪个版本的包?我可以看到安装。包所有的包，其中安装，所以也许有一些功能，列出类似的信息加载包?
根据前面的回答，下面是打印R-version的一种简单替代方法，后面是命名空间中加载的每个包的名称和版本。它可以在Jupyter笔记本上工作，在那里我在运行sessionInfo()和R—版本时遇到了问题。
print(paste("R", getRversion()))
print("-------------")
for (package_name in sort(loadedNamespaces())) {
print(paste(package_name, packageVersion(package_name)))
}
Out:
[1] "R 3.2.2"
[1] "-------------"
[1] "AnnotationDbi 1.32.2"
[1] "Biobase 2.30.0"
[1] "BiocGenerics 0.16.1"
[1] "BiocParallel 1.4.3"
[1] "DBI 0.3.1"
[1] "DESeq2 1.10.0"
[1] "Formula 1.2.1"
[1] "GenomeInfoDb 1.6.1"
[1] "GenomicRanges 1.22.3"
[1] "Hmisc 3.17.0"
[1] "IRanges 2.4.6"
[1] "IRdisplay 0.3"
[1] "IRkernel 0.5"
要检查R的版本，执行:R——version
或者在R shell中打印版本$version.string的内容
EDIT
要检查已安装包的版本，请执行以下操作。
加载库之后，可以执行sessionInfo ()
但是要知道所有已安装包的列表:
packinfo <- installed.packages(fields = c("Package", "Version"))
packinfo[,c("Package", "Version")]
或来提取特定的库版本，一旦您使用已安装的。如上所述的包函数只是在矩阵的第一维中使用包的名称。
packinfo["RANN",c("Package", "Version")]
packinfo["graphics",c("Package", "Version")]
上面将打印RANN库和图形库的版本。
