我有一个R脚本,我希望能够提供几个命令行参数(而不是在代码本身硬编码参数值)。该脚本运行在Windows系统上。
我找不到关于如何将命令行上提供的参数读到我的R脚本的信息。如果这不能做到,我会感到惊讶,所以也许我只是没有在我的谷歌搜索中使用最好的关键字…
有什么建议吗?
我有一个R脚本,我希望能够提供几个命令行参数(而不是在代码本身硬编码参数值)。该脚本运行在Windows系统上。
我找不到关于如何将命令行上提供的参数读到我的R脚本的信息。如果这不能做到,我会感到惊讶,所以也许我只是没有在我的谷歌搜索中使用最好的关键字…
有什么建议吗?
当前回答
供您参考:有一个函数args(),它检索R个函数的参数,不要与名为args的参数向量混淆
其他回答
把这个添加到你的脚本顶部:
args<-commandArgs(TRUE)
然后你可以引用传入的参数args[1], args[2]等。
然后运行
Rscript myscript.R arg1 arg2 arg3
如果参数是带空格的字符串,请用双引号括起来。
由于optparse在回答中已经提到过几次,并且它为命令行处理提供了一个全面的工具包,这里有一个简短的简化示例,说明如何使用它,假设输入文件存在:
脚本。接待员:
library(optparse)
option_list <- list(
make_option(c("-n", "--count_lines"), action="store_true", default=FALSE,
help="Count the line numbers [default]"),
make_option(c("-f", "--factor"), type="integer", default=3,
help="Multiply output by this number [default %default]")
)
parser <- OptionParser(usage="%prog [options] file", option_list=option_list)
args <- parse_args(parser, positional_arguments = 1)
opt <- args$options
file <- args$args
if(opt$count_lines) {
print(paste(length(readLines(file)) * opt$factor))
}
给定任意文件blah.txt,有23行。
在命令行中:
Rscript脚本。R -h输出
Usage: script.R [options] file
Options:
-n, --count_lines
Count the line numbers [default]
-f FACTOR, --factor=FACTOR
Multiply output by this number [default 3]
-h, --help
Show this help message and exit
Rscript脚本。R -n blah.txt输出[1]"69"
Rscript脚本。R -n -f 5 blah.txt输出[1]"115"
德克的答案就是你所需要的一切。这里有一个最小的可重复的例子。
我做了两个文件:example .bat和example . r。
exmpl.bat: set R_Script="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe" %R_Script% exmpl.R 2010-01-28 example 100 > exmpl.batch 2>&1 Alternatively, using Rterm.exe: set R_TERM="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\i386\Rterm.exe" %R_TERM% --no-restore --no-save --args 2010-01-28 example 100 < exmpl.R > exmpl.batch 2>&1 exmpl.R: options(echo=TRUE) # if you want see commands in output file args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) print(args) # trailingOnly=TRUE means that only your arguments are returned, check: # print(commandArgs(trailingOnly=FALSE)) start_date <- as.Date(args[1]) name <- args[2] n <- as.integer(args[3]) rm(args) # Some computations: x <- rnorm(n) png(paste(name,".png",sep="")) plot(start_date+(1L:n), x) dev.off() summary(x)
将两个文件保存在同一目录中,并启动example .bat。在结果中,你会得到:
带有一些图形的Example.png exmpl。把这一切都处理好
你也可以添加一个环境变量%R_Script%:
"C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe"
并在批处理脚本中使用它作为%R_Script% <filename。r > <参数>
RScript与Rterm的区别:
Rscript的语法更简单 Rscript在x64上自动选择架构(详见R安装和管理,2.6子架构) 如果您想将命令写入输出文件,Rscript需要在.R文件中设置选项(echo=TRUE)
供您参考:有一个函数args(),它检索R个函数的参数,不要与名为args的参数向量混淆
以下几点:
命令行参数为 可以通过commanddargs()访问,因此 参见help(commandArgs)获取an 概述。 你可以在包括Windows在内的所有平台上使用Rscript.exe。它将支持commandArgs()。little可以移植到Windows上,但目前只能移植到OS X和Linux上。 CRAN上有两个附加包——getopt和optparse——它们都是为命令行解析而编写的。
编辑于2015年11月:新的替代方案已经出现,我全心全意地推荐docopt。