以下几点:

命令行参数为 可以通过commanddargs()访问，因此 参见help(commandArgs)获取an 概述。 你可以在包括Windows在内的所有平台上使用Rscript.exe。它将支持commandArgs()。little可以移植到Windows上，但目前只能移植到OS X和Linux上。 CRAN上有两个附加包——getopt和optparse——它们都是为命令行解析而编写的。

编辑于2015年11月:新的替代方案已经出现，我全心全意地推荐docopt。

你需要little(发音为'little r')

Dirk将在大约15分钟后来详细说明;)

以下几点:

命令行参数为 可以通过commanddargs()访问，因此 参见help(commandArgs)获取an 概述。 你可以在包括Windows在内的所有平台上使用Rscript.exe。它将支持commandArgs()。little可以移植到Windows上，但目前只能移植到OS X和Linux上。 CRAN上有两个附加包——getopt和optparse——它们都是为命令行解析而编写的。

编辑于2015年11月:新的替代方案已经出现，我全心全意地推荐docopt。

供您参考:有一个函数args()，它检索R个函数的参数，不要与名为args的参数向量混淆

Try library(getopt)…如果你想让事情变得更好。例如:

spec <- matrix(c(
        'in'     , 'i', 1, "character", "file from fastq-stats -x (required)",
        'gc'     , 'g', 1, "character", "input gc content file (optional)",
        'out'    , 'o', 1, "character", "output filename (optional)",
        'help'   , 'h', 0, "logical",   "this help"
),ncol=5,byrow=T)

opt = getopt(spec);

if (!is.null(opt$help) || is.null(opt$in)) {
    cat(paste(getopt(spec, usage=T),"\n"));
    q();
}

由于optparse在回答中已经提到过几次，并且它为命令行处理提供了一个全面的工具包，这里有一个简短的简化示例，说明如何使用它，假设输入文件存在:

脚本。接待员:

library(optparse)

option_list <- list(
  make_option(c("-n", "--count_lines"), action="store_true", default=FALSE,
    help="Count the line numbers [default]"),
  make_option(c("-f", "--factor"), type="integer", default=3,
    help="Multiply output by this number [default %default]")
)

parser <- OptionParser(usage="%prog [options] file", option_list=option_list)

args <- parse_args(parser, positional_arguments = 1)
opt <- args$options
file <- args$args

if(opt$count_lines) {
  print(paste(length(readLines(file)) * opt$factor))
}

给定任意文件blah.txt，有23行。

在命令行中:

Rscript脚本。R -h输出

Usage: script.R [options] file


Options:
        -n, --count_lines
                Count the line numbers [default]

        -f FACTOR, --factor=FACTOR
                Multiply output by this number [default 3]

        -h, --help
                Show this help message and exit

Rscript脚本。R -n blah.txt输出[1]"69"

Rscript脚本。R -n -f 5 blah.txt输出[1]"115"