我有一个R脚本,我希望能够提供几个命令行参数(而不是在代码本身硬编码参数值)。该脚本运行在Windows系统上。
我找不到关于如何将命令行上提供的参数读到我的R脚本的信息。如果这不能做到,我会感到惊讶,所以也许我只是没有在我的谷歌搜索中使用最好的关键字…
有什么建议吗?
我有一个R脚本,我希望能够提供几个命令行参数(而不是在代码本身硬编码参数值)。该脚本运行在Windows系统上。
我找不到关于如何将命令行上提供的参数读到我的R脚本的信息。如果这不能做到,我会感到惊讶,所以也许我只是没有在我的谷歌搜索中使用最好的关键字…
有什么建议吗?
当前回答
德克的答案就是你所需要的一切。这里有一个最小的可重复的例子。
我做了两个文件:example .bat和example . r。
exmpl.bat: set R_Script="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe" %R_Script% exmpl.R 2010-01-28 example 100 > exmpl.batch 2>&1 Alternatively, using Rterm.exe: set R_TERM="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\i386\Rterm.exe" %R_TERM% --no-restore --no-save --args 2010-01-28 example 100 < exmpl.R > exmpl.batch 2>&1 exmpl.R: options(echo=TRUE) # if you want see commands in output file args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) print(args) # trailingOnly=TRUE means that only your arguments are returned, check: # print(commandArgs(trailingOnly=FALSE)) start_date <- as.Date(args[1]) name <- args[2] n <- as.integer(args[3]) rm(args) # Some computations: x <- rnorm(n) png(paste(name,".png",sep="")) plot(start_date+(1L:n), x) dev.off() summary(x)
将两个文件保存在同一目录中,并启动example .bat。在结果中,你会得到:
带有一些图形的Example.png exmpl。把这一切都处理好
你也可以添加一个环境变量%R_Script%:
"C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe"
并在批处理脚本中使用它作为%R_Script% <filename。r > <参数>
RScript与Rterm的区别:
Rscript的语法更简单 Rscript在x64上自动选择架构(详见R安装和管理,2.6子架构) 如果您想将命令写入输出文件,Rscript需要在.R文件中设置选项(echo=TRUE)
其他回答
德克的答案就是你所需要的一切。这里有一个最小的可重复的例子。
我做了两个文件:example .bat和example . r。
exmpl.bat: set R_Script="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe" %R_Script% exmpl.R 2010-01-28 example 100 > exmpl.batch 2>&1 Alternatively, using Rterm.exe: set R_TERM="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\i386\Rterm.exe" %R_TERM% --no-restore --no-save --args 2010-01-28 example 100 < exmpl.R > exmpl.batch 2>&1 exmpl.R: options(echo=TRUE) # if you want see commands in output file args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) print(args) # trailingOnly=TRUE means that only your arguments are returned, check: # print(commandArgs(trailingOnly=FALSE)) start_date <- as.Date(args[1]) name <- args[2] n <- as.integer(args[3]) rm(args) # Some computations: x <- rnorm(n) png(paste(name,".png",sep="")) plot(start_date+(1L:n), x) dev.off() summary(x)
将两个文件保存在同一目录中,并启动example .bat。在结果中,你会得到:
带有一些图形的Example.png exmpl。把这一切都处理好
你也可以添加一个环境变量%R_Script%:
"C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe"
并在批处理脚本中使用它作为%R_Script% <filename。r > <参数>
RScript与Rterm的区别:
Rscript的语法更简单 Rscript在x64上自动选择架构(详见R安装和管理,2.6子架构) 如果您想将命令写入输出文件,Rscript需要在.R文件中设置选项(echo=TRUE)
如果你需要指定带有标志的选项(如-h,——help,——number=42等),你可以使用R包optparse(灵感来自Python): http://cran.r-project.org/web/packages/optparse/vignettes/optparse.pdf。
至少这是我理解你的问题的方式,因为我在寻找bash getopt,或perl getopt,或python argparse和optparse的等效程序时发现了这篇文章。
把这个添加到你的脚本顶部:
args<-commandArgs(TRUE)
然后你可以引用传入的参数args[1], args[2]等。
然后运行
Rscript myscript.R arg1 arg2 arg3
如果参数是带空格的字符串,请用双引号括起来。
你需要little(发音为'little r')
Dirk将在大约15分钟后来详细说明;)
以下几点:
命令行参数为 可以通过commanddargs()访问,因此 参见help(commandArgs)获取an 概述。 你可以在包括Windows在内的所有平台上使用Rscript.exe。它将支持commandArgs()。little可以移植到Windows上,但目前只能移植到OS X和Linux上。 CRAN上有两个附加包——getopt和optparse——它们都是为命令行解析而编写的。
编辑于2015年11月:新的替代方案已经出现,我全心全意地推荐docopt。