如何从R脚本读取命令行参数?

我有一个R脚本，我希望能够提供几个命令行参数(而不是在代码本身硬编码参数值)。该脚本运行在Windows系统上。

我找不到关于如何将命令行上提供的参数读到我的R脚本的信息。如果这不能做到，我会感到惊讶，所以也许我只是没有在我的谷歌搜索中使用最好的关键字…

有什么建议吗?

当前回答

由于optparse在回答中已经提到过几次，并且它为命令行处理提供了一个全面的工具包，这里有一个简短的简化示例，说明如何使用它，假设输入文件存在:

脚本。接待员:

library(optparse)

option_list <- list(
  make_option(c("-n", "--count_lines"), action="store_true", default=FALSE,
    help="Count the line numbers [default]"),
  make_option(c("-f", "--factor"), type="integer", default=3,
    help="Multiply output by this number [default %default]")
)

parser <- OptionParser(usage="%prog [options] file", option_list=option_list)

args <- parse_args(parser, positional_arguments = 1)
opt <- args$options
file <- args$args

if(opt$count_lines) {
  print(paste(length(readLines(file)) * opt$factor))
}

给定任意文件blah.txt，有23行。

在命令行中:

Rscript脚本。R -h输出

Usage: script.R [options] file


Options:
        -n, --count_lines
                Count the line numbers [default]

        -f FACTOR, --factor=FACTOR
                Multiply output by this number [default 3]

        -h, --help
                Show this help message and exit

Rscript脚本。R -n blah.txt输出[1]"69"

Rscript脚本。R -n -f 5 blah.txt输出[1]"115"

2015-10-15 18:31:12

其他回答

如果你需要指定带有标志的选项(如-h，——help，——number=42等)，你可以使用R包optparse(灵感来自Python): http://cran.r-project.org/web/packages/optparse/vignettes/optparse.pdf。

至少这是我理解你的问题的方式，因为我在寻找bash getopt，或perl getopt，或python argparse和optparse的等效程序时发现了这篇文章。

2014-05-20 15:33:46

你需要little(发音为'little r')

Dirk将在大约15分钟后来详细说明;)

2010-01-28 00:48:54

以下几点:

命令行参数为可以通过commanddargs()访问，因此参见help(commandArgs)获取an 概述。你可以在包括Windows在内的所有平台上使用Rscript.exe。它将支持commandArgs()。little可以移植到Windows上，但目前只能移植到OS X和Linux上。 CRAN上有两个附加包——getopt和optparse——它们都是为命令行解析而编写的。

编辑于2015年11月:新的替代方案已经出现，我全心全意地推荐docopt。

2010-01-28 01:11:22

在bash中，您可以构造如下所示的命令行:

$ z=10
$ echo $z
10
$ Rscript -e "args<-commandArgs(TRUE);x=args[1]:args[2];x;mean(x);sd(x)" 1 $z
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
[1] 5.5
[1] 3.027650
$

你可以看到变量$z被bash shell替换为“10”，这个值被commandArgs取走并输入args[2]，范围命令x=1:10被R成功执行，等等。

2011-01-09 14:19:13