由于optparse在回答中已经提到过几次，并且它为命令行处理提供了一个全面的工具包，这里有一个简短的简化示例，说明如何使用它，假设输入文件存在:

脚本。接待员:

library(optparse)

option_list <- list(
  make_option(c("-n", "--count_lines"), action="store_true", default=FALSE,
    help="Count the line numbers [default]"),
  make_option(c("-f", "--factor"), type="integer", default=3,
    help="Multiply output by this number [default %default]")
)

parser <- OptionParser(usage="%prog [options] file", option_list=option_list)

args <- parse_args(parser, positional_arguments = 1)
opt <- args$options
file <- args$args

if(opt$count_lines) {
  print(paste(length(readLines(file)) * opt$factor))
}

给定任意文件blah.txt，有23行。

在命令行中:

Rscript脚本。R -h输出

Usage: script.R [options] file


Options:
        -n, --count_lines
                Count the line numbers [default]

        -f FACTOR, --factor=FACTOR
                Multiply output by this number [default 3]

        -h, --help
                Show this help message and exit

Rscript脚本。R -n blah.txt输出[1]"69"

Rscript脚本。R -n -f 5 blah.txt输出[1]"115"

你需要little(发音为'little r')

Dirk将在大约15分钟后来详细说明;)

以下几点:

命令行参数为 可以通过commanddargs()访问，因此 参见help(commandArgs)获取an 概述。 你可以在包括Windows在内的所有平台上使用Rscript.exe。它将支持commandArgs()。little可以移植到Windows上，但目前只能移植到OS X和Linux上。 CRAN上有两个附加包——getopt和optparse——它们都是为命令行解析而编写的。

编辑于2015年11月:新的替代方案已经出现，我全心全意地推荐docopt。

德克的答案就是你所需要的一切。这里有一个最小的可重复的例子。

我做了两个文件:example .bat和example . r。

exmpl.bat: set R_Script="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe" %R_Script% exmpl.R 2010-01-28 example 100 > exmpl.batch 2>&1 Alternatively, using Rterm.exe: set R_TERM="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\i386\Rterm.exe" %R_TERM% --no-restore --no-save --args 2010-01-28 example 100 < exmpl.R > exmpl.batch 2>&1 exmpl.R: options(echo=TRUE) # if you want see commands in output file args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) print(args) # trailingOnly=TRUE means that only your arguments are returned, check: # print(commandArgs(trailingOnly=FALSE)) start_date <- as.Date(args[1]) name <- args[2] n <- as.integer(args[3]) rm(args) # Some computations: x <- rnorm(n) png(paste(name,".png",sep="")) plot(start_date+(1L:n), x) dev.off() summary(x)

将两个文件保存在同一目录中，并启动example .bat。在结果中，你会得到:

带有一些图形的Example.png exmpl。把这一切都处理好

你也可以添加一个环境变量%R_Script%:

"C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe"

并在批处理脚本中使用它作为%R_Script% <filename。r > <参数>

RScript与Rterm的区别:

Rscript的语法更简单 Rscript在x64上自动选择架构(详见R安装和管理，2.6子架构) 如果您想将命令写入输出文件，Rscript需要在.R文件中设置选项(echo=TRUE)

我只是把一个漂亮的数据结构和处理链放在一起来生成这种切换行为，不需要库。我相信它已经被实现过无数次了，并且在这个帖子中寻找例子-我想我应该分享一下。

我甚至不需要特别的标志(这里唯一的标志是调试模式，创建一个变量，我检查作为启动下游函数的条件，如果(!exists(debug.mode)){…} else {print(variables)})。下面的标志检查lapply语句产生的结果与:

if ("--debug" %in% args) debug.mode <- T
if ("-h" %in% args || "--help" %in% args) 

其中args是从命令行参数中读入的变量(一个字符向量，相当于c('——debug'，'——help')，例如当你提供这些时)

它可用于任何其他标志，你避免了所有的重复，没有库，所以没有依赖:

args <- commandArgs(TRUE)

flag.details <- list(
"debug" = list(
  def = "Print variables rather than executing function XYZ...",
  flag = "--debug",
  output = "debug.mode <- T"),
"help" = list(
  def = "Display flag definitions",
  flag = c("-h","--help"),
  output = "cat(help.prompt)") )

flag.conditions <- lapply(flag.details, function(x) {
  paste0(paste0('"',x$flag,'"'), sep = " %in% args", collapse = " || ")
})
flag.truth.table <- unlist(lapply(flag.conditions, function(x) {
  if (eval(parse(text = x))) {
    return(T)
  } else return(F)
}))

help.prompts <- lapply(names(flag.truth.table), function(x){
# joins 2-space-separatated flags with a tab-space to the flag description
  paste0(c(paste0(flag.details[x][[1]][['flag']], collapse="  "),
  flag.details[x][[1]][['def']]), collapse="\t")
} )

help.prompt <- paste(c(unlist(help.prompts),''),collapse="\n\n")

# The following lines handle the flags, running the corresponding 'output' entry in flag.details for any supplied
flag.output <- unlist(lapply(names(flag.truth.table), function(x){
  if (flag.truth.table[x]) return(flag.details[x][[1]][['output']])
}))
eval(parse(text = flag.output))

注意，在flag.details中，命令被存储为字符串，然后用eval(parse(text = '…'))进行计算。对于任何严肃的脚本来说，Optparse显然都是可取的，但功能很少的代码有时也很好。

样例输出:

$ Rscript check_mail.Rscript --help
--debug Print  variables rather than executing function XYZ...

-h  --help  Display flag definitions

Try library(getopt)…如果你想让事情变得更好。例如:

spec <- matrix(c(
        'in'     , 'i', 1, "character", "file from fastq-stats -x (required)",
        'gc'     , 'g', 1, "character", "input gc content file (optional)",
        'out'    , 'o', 1, "character", "output filename (optional)",
        'help'   , 'h', 0, "logical",   "this help"
),ncol=5,byrow=T)

opt = getopt(spec);

if (!is.null(opt$help) || is.null(opt$in)) {
    cat(paste(getopt(spec, usage=T),"\n"));
    q();
}