我有一个R脚本，我希望能够提供几个命令行参数(而不是在代码本身硬编码参数值)。该脚本运行在Windows系统上。
我找不到关于如何将命令行上提供的参数读到我的R脚本的信息。如果这不能做到，我会感到惊讶，所以也许我只是没有在我的谷歌搜索中使用最好的关键字…
有什么建议吗?
当前回答
Try library(getopt)…如果你想让事情变得更好。例如:
spec <- matrix(c(
'in' , 'i', 1, "character", "file from fastq-stats -x (required)",
'gc' , 'g', 1, "character", "input gc content file (optional)",
'out' , 'o', 1, "character", "output filename (optional)",
'help' , 'h', 0, "logical", "this help"
),ncol=5,byrow=T)
opt = getopt(spec);
if (!is.null(opt$help) || is.null(opt$in)) {
cat(paste(getopt(spec, usage=T),"\n"));
q();
}
其他回答
由于optparse在回答中已经提到过几次，并且它为命令行处理提供了一个全面的工具包，这里有一个简短的简化示例，说明如何使用它，假设输入文件存在:
脚本。接待员:
library(optparse)
option_list <- list(
make_option(c("-n", "--count_lines"), action="store_true", default=FALSE,
help="Count the line numbers [default]"),
make_option(c("-f", "--factor"), type="integer", default=3,
help="Multiply output by this number [default %default]")
)
parser <- OptionParser(usage="%prog [options] file", option_list=option_list)
args <- parse_args(parser, positional_arguments = 1)
opt <- args$options
file <- args$args
if(opt$count_lines) {
print(paste(length(readLines(file)) * opt$factor))
}
给定任意文件blah.txt，有23行。
在命令行中:
Rscript脚本。R -h输出
Usage: script.R [options] file
Options:
-n, --count_lines
Count the line numbers [default]
-f FACTOR, --factor=FACTOR
Multiply output by this number [default 3]
-h, --help
Show this help message and exit
Rscript脚本。R -n blah.txt输出[1]"69"
Rscript脚本。R -n -f 5 blah.txt输出[1]"115"
Try library(getopt)…如果你想让事情变得更好。例如:
spec <- matrix(c(
'in' , 'i', 1, "character", "file from fastq-stats -x (required)",
'gc' , 'g', 1, "character", "input gc content file (optional)",
'out' , 'o', 1, "character", "output filename (optional)",
'help' , 'h', 0, "logical", "this help"
),ncol=5,byrow=T)
opt = getopt(spec);
if (!is.null(opt$help) || is.null(opt$in)) {
cat(paste(getopt(spec, usage=T),"\n"));
q();
}
你需要little(发音为'little r')
Dirk将在大约15分钟后来详细说明;)
供您参考:有一个函数args()，它检索R个函数的参数，不要与名为args的参数向量混淆
以下几点:
命令行参数为 可以通过commanddargs()访问，因此 参见help(commandArgs)获取an 概述。 你可以在包括Windows在内的所有平台上使用Rscript.exe。它将支持commandArgs()。little可以移植到Windows上，但目前只能移植到OS X和Linux上。 CRAN上有两个附加包——getopt和optparse——它们都是为命令行解析而编写的。
编辑于2015年11月:新的替代方案已经出现，我全心全意地推荐docopt。
