Subversion、Git、Mercurial和其他版本支持三方合并(结合我的、他们的和“基础”版本)，并支持图形工具来解决冲突。
你用什么工具?Windows, Mac OS X, Linux，免费或商业，你能想到的。
下面是一些我用过或听说过的，只是为了开始对话:
KDiff3 DiffMerge P4Merge 融合 Beyond Compare Pro。
(我承认这有点像最佳差异工具，但它的不同之处在于我明确地专注于三方合并工具;例如，WinMerge就不在此列。)
当前回答
KDiff3 开源，跨平台
Linux和Windows相同的界面，非常智能的算法解决冲突，正则表达式自动解决冲突，集成ClearCase, SVN, Git, MS Visual Studio，可编辑合并文件，比较目录
它的键盘导航很棒:ctrl-箭头导航差分，ctrl- 1,2,3进行合并。
另外，请参阅https://stackoverflow.com/a/2434482/42473
其他回答
Araxis合并。它很商业化，但它是如此值得……它适用于Windows和Mac OS X。
Beyond Compare 3 Pro支持三向合并，这是一个非常令人印象深刻的合并工具。它是商业化的(但是值得一试，恕我直言)，可以在Windows、Linux和Mac OS X上使用。
正如评论中指出的那样，它也很便宜。
注意:如果没有合并集，也就是说合并标记驻留在目标文件中，Beyond Compare不提供三向文件比较/编辑。Beyond Compare表示，这项功能在他们的清单上。
注意:3-way merge是Beyond Compare 3 Pro版的一个功能
源齿轮差合并:
跨平台，真正的三方合并，它是完全免费的商业或个人使用。
融合差异查看器
我和Meld一起工作的经历很好。当我必须在分支之间进行混乱的代码合并时，我会使用它。它使用简单，界面简洁。
开源 支持Linux、Windows、MacOS 多文件差异 三方比较支持
在Ubuntu中，安装非常简单:sudo apt-get install meld
Diffuse是一个易于使用的三向合并工具。它支持你提到的所有平台和版本控制系统，并且它可以同时比较三个以上的文件。
