Subversion、Git、Mercurial和其他版本支持三方合并(结合我的、他们的和“基础”版本)，并支持图形工具来解决冲突。
你用什么工具?Windows, Mac OS X, Linux，免费或商业，你能想到的。
下面是一些我用过或听说过的，只是为了开始对话:
KDiff3 DiffMerge P4Merge 融合 Beyond Compare Pro。
(我承认这有点像最佳差异工具，但它的不同之处在于我明确地专注于三方合并工具;例如，WinMerge就不在此列。)
当前回答
刚刚检查了P4merge，因为我在另一篇博客文章中听说过它:
非常流畅的界面，和免费!我一直是Araxis Merge的忠实用户，但考虑到它是免费的，而且很棒，我鼓励你去看看。
其他回答
源齿轮差合并:
跨平台，真正的三方合并，它是完全免费的商业或个人使用。
vimdiff。太棒了。你只需要一扇三英尺宽的窗户。
Ultracompare。它真的很好，处理大文件(超过1gb)很好，适用于Windows/Mac/Linux，而且它是商用的，但它是值得的。
Beyond Compare 3 Pro支持三向合并，这是一个非常令人印象深刻的合并工具。它是商业化的(但是值得一试，恕我直言)，可以在Windows、Linux和Mac OS X上使用。
正如评论中指出的那样，它也很便宜。
注意:如果没有合并集，也就是说合并标记驻留在目标文件中，Beyond Compare不提供三向文件比较/编辑。Beyond Compare表示，这项功能在他们的清单上。
注意:3-way merge是Beyond Compare 3 Pro版的一个功能
融合差异查看器
我和Meld一起工作的经历很好。当我必须在分支之间进行混乱的代码合并时，我会使用它。它使用简单，界面简洁。
开源 支持Linux、Windows、MacOS 多文件差异 三方比较支持
在Ubuntu中，安装非常简单:sudo apt-get install meld
