Subversion、Git、Mercurial和其他版本支持三方合并(结合我的、他们的和“基础”版本)，并支持图形工具来解决冲突。
你用什么工具?Windows, Mac OS X, Linux，免费或商业，你能想到的。
下面是一些我用过或听说过的，只是为了开始对话:
KDiff3 DiffMerge P4Merge 融合 Beyond Compare Pro。
(我承认这有点像最佳差异工具，但它的不同之处在于我明确地专注于三方合并工具;例如，WinMerge就不在此列。)
当前回答
Ultracompare。它真的很好，处理大文件(超过1gb)很好，适用于Windows/Mac/Linux，而且它是商用的，但它是值得的。
其他回答
融合差异查看器
我和Meld一起工作的经历很好。当我必须在分支之间进行混乱的代码合并时，我会使用它。它使用简单，界面简洁。
开源 支持Linux、Windows、MacOS 多文件差异 三方比较支持
在Ubuntu中，安装非常简单:sudo apt-get install meld
我爱Ediff。它内置在GNU Emacs中。
要执行三向差异，请使用ediff-files3(用于选择三个文件)或ediff-buffer3(用于选择三个已经打开的缓冲区)。你会看到一个像这样的屏幕:
注意单词差异突出显示。
你可以按n或p转到下一个/上一个差分，而ab会将区域从缓冲区a(最左边的那个)复制到缓冲区b(中间的那个)，类似地，其他两个字母的组合a, b, c;rb将恢复缓冲区b中的区域。命中?获取快速帮助菜单，或阅读Emacs中diff3合并的精细手册。
刚刚检查了P4merge，因为我在另一篇博客文章中听说过它:
非常流畅的界面，和免费!我一直是Araxis Merge的忠实用户，但考虑到它是免费的，而且很棒，我鼓励你去看看。
Diffuse是一个易于使用的三向合并工具。它支持你提到的所有平台和版本控制系统，并且它可以同时比较三个以上的文件。
xxdiff如果你在Linux领域。
