在R中是否有衡量函数执行时间的标准化方法?
显然我可以用系统。时间，然后取它们的差异，但我想知道是否有一些标准化的方法或功能(不想发明轮子)。
我似乎记得我曾经用过如下的东西:
somesysfunction("myfunction(with,arguments)")
> Start time : 2001-01-01 00:00:00 # output of somesysfunction
> "Result" "of" "myfunction" # output of myfunction
> End time : 2001-01-01 00:00:10 # output of somesysfunction
> Total Execution time : 10 seconds # output of somesysfunction
当前回答
内置函数system.time()将执行此操作。
使用like: system。Time (result <- myfunction(with, arguments))
其他回答
如果你喜欢，你可以使用matlab风格的tic-toc函数。看另一个SO问题
秒表功能在R
microbenchmark是一个轻量级(约50kB)包，或多或少是R中对多个表达式和函数进行基准测试的标准方法:
microbenchmark(myfunction(with,arguments))
例如:
> microbenchmark::microbenchmark(log10(5), log(5)/log(10), times = 10000)
Unit: nanoseconds
expr min lq mean median uq max neval cld
log10(5) 0 0 25.5738 0 1 10265 10000 a
log(5)/log(10) 0 0 28.1838 0 1 10265 10000
在这里，两个表达式都被计算了10000次，平均执行时间约为25-30纳秒。
有几个答案提到取两个Sys.time()的差值。
start <- Sys.time()
## ... code here ... ##
end <- Sys.time()
end - start
这将以人类可读的格式打印结果，例如“2秒的时间差”。但是，由于单位可以变化(从“秒”到“分钟”到“天”)，因此，如果多个运行时的单位不同，那么使用此方法在相同基础上比较它们就不太有用。
对于非交互目的，最好指定时间单位。
具体来说，Sys.time()返回一个POSIXct对象。取两个posixct的差值，给出一个difftime类的对象，该对象具有“units”属性。特别是' - '操作被定义为在与POSIXct一起使用时使用difftime()。也就是说,
time2 - time1
等于
difftime(time2, time1)
要指定units属性，添加一个units=参数，例如。
difftime(time2, time1, units="secs")
总而言之，可以使用Sys.time()用指定的单位(秒、分等)来测量运行时。
start <- Sys.time()
## ... code here ... ##
end <- Sys.time()
difftime(end, start, units="secs")
虽然其他解决方案对于单个函数也很有用，但我推荐使用下面的代码段，因为它更通用、更有效:
Rprof(tf <- "log.log", memory.profiling = TRUE)
# the code you want to profile must be in between
Rprof (NULL) ; print(summaryRprof(tf))
您可以使用Sys.time()。但是，当您在表格或csv文件中记录时差时，不能简单地使用end - start。相反，你应该定义这个单位:
f_name <- function (args*){
start <- Sys.time()
""" You codes here """
end <- Sys.time()
total_time <- as.numeric (end - start, units = "mins") # or secs ...
}
然后你可以使用total_time，它有一个合适的格式。
