在numpy数组上映射函数的最有效方法是什么?我目前正在做:

import numpy as np 

x = np.array([1, 2, 3, 4, 5])

# Obtain array of square of each element in x
squarer = lambda t: t ** 2
squares = np.array([squarer(xi) for xi in x])

然而,这可能非常低效,因为我在将新数组转换回numpy数组之前,使用列表推导式将其构造为Python列表。我们能做得更好吗?


当前回答

以上所有答案都比较好,但如果您需要使用自定义函数进行映射,并且您有numpy。Ndarray,你需要保留数组的形状。

我只比较了两个,但它将保留ndarray的形状。我使用了包含100万个条目的数组进行比较。这里我使用square函数,它也内置在numpy中,具有很大的性能提升,因为需要一些东西,您可以使用您选择的函数。

import numpy, time
def timeit():
    y = numpy.arange(1000000)
    now = time.time()
    numpy.array([x * x for x in y.reshape(-1)]).reshape(y.shape)        
    print(time.time() - now)
    now = time.time()
    numpy.fromiter((x * x for x in y.reshape(-1)), y.dtype).reshape(y.shape)
    print(time.time() - now)
    now = time.time()
    numpy.square(y)  
    print(time.time() - now)

输出

>>> timeit()
1.162431240081787    # list comprehension and then building numpy array
1.0775556564331055   # from numpy.fromiter
0.002948284149169922 # using inbuilt function

在这里,你可以清楚地看到numpy.fromiter工作得很好,考虑到简单的方法,如果内置函数可用,请使用它。

其他回答

周围有numexpr、numba和cython,这个答案的目标是考虑这些可能性。

但首先让我们声明一个显而易见的事实:无论你如何将一个Python函数映射到numpy-array上,它始终是一个Python函数,这意味着对于每一个求值:

numpy-array元素必须转换为python对象(例如Float)。 所有计算都是用python对象完成的,这意味着有解释器、动态分派和不可变对象的开销。

因此,由于上面提到的开销,实际使用哪种机制来遍历数组并没有发挥很大的作用——它比使用numpy的内置功能慢得多。

让我们来看看下面的例子:

# numpy-functionality
def f(x):
    return x+2*x*x+4*x*x*x

# python-function as ufunc
import numpy as np
vf=np.vectorize(f)
vf.__name__="vf"

np。Vectorize被选为纯python函数类方法的代表。使用perfplot(参见答案附录中的代码),我们得到以下运行时间:

我们可以看到,numpy-方法比纯python版本快10 -100倍。较大数组的性能下降可能是因为数据不再适合缓存。

值得一提的是,向量化也使用大量内存,因此内存使用通常是瓶颈(参见相关so -问题)。还要注意,numpy关于np的文档。Vectorize声明它“主要是为了方便,而不是为了性能”。

如果需要性能,除了从头开始编写c扩展,还可以使用其他工具:


人们经常听说,它的性能非常好,因为它的底层是纯C语言。然而,还有很大的改进空间!

向量化numpy版本使用了大量额外的内存和内存访问。Numexp-library尝试平铺numpy-arrays,从而获得更好的缓存利用率:

# less cache misses than numpy-functionality
import numexpr as ne
def ne_f(x):
    return ne.evaluate("x+2*x*x+4*x*x*x")

导致以下比较:

我不能在上面的图中解释所有的事情:我们可以看到numexpr-library在开始时的开销更大,但因为它更好地利用缓存,对于更大的数组,它的速度大约快10倍!


另一种方法是对函数进行jit编译,从而得到一个真正的纯c UFunc。这是numba的方法:

# runtime generated C-function as ufunc
import numba as nb
@nb.vectorize(target="cpu")
def nb_vf(x):
    return x+2*x*x+4*x*x*x

它比原来的numpy方法快10倍:


然而,令人尴尬的是,这个任务是可并行的,因此我们也可以使用prange来并行计算循环:

@nb.njit(parallel=True)
def nb_par_jitf(x):
    y=np.empty(x.shape)
    for i in nb.prange(len(x)):
        y[i]=x[i]+2*x[i]*x[i]+4*x[i]*x[i]*x[i]
    return y

正如预期的那样,并行函数对于较小的输入较慢,但对于较大的输入较快(几乎是2倍):


numba专门用于优化numpy-arrays的操作,而Cython是一个更通用的工具。提取与numba相同的性能更加复杂——通常是llvm (numba) vs本地编译器(gcc/MSVC):

%%cython -c=/openmp -a
import numpy as np
import cython

#single core:
@cython.boundscheck(False) 
@cython.wraparound(False) 
def cy_f(double[::1] x):
    y_out=np.empty(len(x))
    cdef Py_ssize_t i
    cdef double[::1] y=y_out
    for i in range(len(x)):
        y[i] = x[i]+2*x[i]*x[i]+4*x[i]*x[i]*x[i]
    return y_out

#parallel:
from cython.parallel import prange
@cython.boundscheck(False) 
@cython.wraparound(False)  
def cy_par_f(double[::1] x):
    y_out=np.empty(len(x))
    cdef double[::1] y=y_out
    cdef Py_ssize_t i
    cdef Py_ssize_t n = len(x)
    for i in prange(n, nogil=True):
        y[i] = x[i]+2*x[i]*x[i]+4*x[i]*x[i]*x[i]
    return y_out

Cython会导致一些较慢的函数:


结论

显然,只测试一个函数并不能证明任何东西。还应该记住,对于所选的函数(例如,内存带宽对于大于10^5个元素的大小是瓶颈),因此我们在这个区域中对numba、numexpr和cython具有相同的性能。

最后,最终的答案取决于函数类型、硬件、python分布和其他因素。例如,Anaconda-distribution使用Intel的VML来处理numpy的函数,因此对于先验函数,如exp, sin, cos和类似的函数,它的性能很容易超过numba(除非它使用SVML,参见这个SO-post) -参见下面的SO-post。

然而,从这次调查和到目前为止我的经验来看,我想说,只要不涉及先验函数,numba似乎是最简单、性能最好的工具。


使用perfplot-package绘制运行时间:

import perfplot
perfplot.show(
    setup=lambda n: np.random.rand(n),
    n_range=[2**k for k in range(0,24)],
    kernels=[
        f, 
        vf,
        ne_f, 
        nb_vf, nb_par_jitf,
        cy_f, cy_par_f,
        ],
    logx=True,
    logy=True,
    xlabel='len(x)'
    )

似乎没有人提到在numpy包中生成ufunc的内置工厂方法:np.frompyfunc,我已经对np进行了测试。矢量化,并且比它的表现好大约20~30%。当然,它不能像规定的C代码或numba(我没有测试过)那样执行,但它是比np.vectorize更好的选择

f = lambda x, y: x * y
f_arr = np.frompyfunc(f, 2, 1)
vf = np.vectorize(f)
arr = np.linspace(0, 1, 10000)

%timeit f_arr(arr, arr) # 307ms
%timeit vf(arr, arr) # 450ms

我也测试了更大的样本,改进是成比例的。请在这里查看文档

博士TL;

正如@user2357112所指出的,应用函数的“直接”方法总是在Numpy数组上映射函数的最快和最简单的方法:

import numpy as np
x = np.array([1, 2, 3, 4, 5])
f = lambda x: x ** 2
squares = f(x)

一般避免np。向量化,因为它性能不佳,并且已经(或曾经)有许多问题。如果您正在处理其他数据类型,您可能需要研究下面所示的其他方法。

方法比较

下面是一些简单的测试,比较三种映射函数的方法,本例使用Python 3.6和NumPy 1.15.4。首先,测试的设置函数:

import timeit
import numpy as np

f = lambda x: x ** 2
vf = np.vectorize(f)

def test_array(x, n):
    t = timeit.timeit(
        'np.array([f(xi) for xi in x])',
        'from __main__ import np, x, f', number=n)
    print('array: {0:.3f}'.format(t))

def test_fromiter(x, n):
    t = timeit.timeit(
        'np.fromiter((f(xi) for xi in x), x.dtype, count=len(x))',
        'from __main__ import np, x, f', number=n)
    print('fromiter: {0:.3f}'.format(t))

def test_direct(x, n):
    t = timeit.timeit(
        'f(x)',
        'from __main__ import x, f', number=n)
    print('direct: {0:.3f}'.format(t))

def test_vectorized(x, n):
    t = timeit.timeit(
        'vf(x)',
        'from __main__ import x, vf', number=n)
    print('vectorized: {0:.3f}'.format(t))

测试五个元素(从最快到最慢排序):

x = np.array([1, 2, 3, 4, 5])
n = 100000
test_direct(x, n)      # 0.265
test_fromiter(x, n)    # 0.479
test_array(x, n)       # 0.865
test_vectorized(x, n)  # 2.906

包含100个元素:

x = np.arange(100)
n = 10000
test_direct(x, n)      # 0.030
test_array(x, n)       # 0.501
test_vectorized(x, n)  # 0.670
test_fromiter(x, n)    # 0.883

并且使用1000个或更多的数组元素:

x = np.arange(1000)
n = 1000
test_direct(x, n)      # 0.007
test_fromiter(x, n)    # 0.479
test_array(x, n)       # 0.516
test_vectorized(x, n)  # 0.945

不同版本的Python/NumPy和编译器优化会有不同的结果,所以对您的环境进行类似的测试。

编辑:原来的答案是误导性的,np。SQRT直接应用于数组,开销很小。

在多维情况下,您希望应用一个内建函数,操作1d数组numpy。Apply_along_axis是一个不错的选择,对于numpy和scipy中更复杂的函数组合也是如此。

先前的误导性陈述:

添加方法:

def along_axis(x):
    return np.apply_along_axis(f, 0, x)

perfplot代码给出接近np.sqrt的性能结果。

就像在这篇文章中提到的,像这样使用生成器表达式:

numpy.fromiter((<some_func>(x) for x in <something>),<dtype>,<size of something>)