这个问题由来已久，我最近在Azure DevOps Yaml管道和Dotnet Core 3.1中收到了同样的错误消息。这个问题与其他答案试图解决的问题有些不同，因此我将分享我的解决方案。

我有一个解决方案，为我自己的nuget包提供了许多项目。我无意中在*.csproj文件中添加了版本标记，如下所示：

  <Project Sdk="Microsoft.NET.Sdk">
  <PropertyGroup>
    <Version>1.0.0</Version>
  </PropertyGroup>

我用一个DotnetCoreCLI@2任务：

 - task: DotNetCoreCLI@2
   displayName: 'pack'
   inputs:
     command: pack
     nobuild: true
     configurationToPack: 'Release'
     includesource: true
     includesymbols: true
     packagesToPack: 'MyNugetProject1.csproj;**/MyNugetProject2.csproj'
     versioningScheme: 'byEnvVar'
     versionEnvVar: 'GitVersion.SemVer'

问题是*.csproj文件中的版本与环境变量GitVersion.SemVer（由输入“versionEnvVar”指定）中的版本不匹配。

删除*.csproj文件中的所有＜Version＞1.0.0＜/Version＞-标记后，dll的程序集/fileversion由环境变量自动分配，nuget和dll（程序集/file版本）将具有相同的版本，问题得到解决。

运行迁移器以从使用packages.config升级到PackageReference，为我轻松修复了此错误。如果您运行的是Visual Studio 2017 15.7版或更高版本，您可以按照以下步骤进行升级。

https://learn.microsoft.com/en-us/nuget/consume-packages/migrate-packages-config-to-package-reference#migration-步骤

以下是步骤（从上述链接复制）：

使用packages.config打开包含项目的解决方案。在解决方案资源管理器中，右键单击“引用”节点或packages.config文件，然后选择将packages.cnfig迁移到程序包参考。。。。迁移器分析项目的NuGet包引用和尝试将它们分类为顶级依赖项（NuGet直接安装的软件包）和Transitive依赖项（作为顶级包的依赖项安装的包）。注意：PackageReference支持可传递的包还原和解析依赖关系是动态的，这意味着传递依赖关系需要不能显式安装。（可选）您可以选择将NuGet包分类为通过选择程序包的顶层选项。此选项自动设置为包含不流动的资产的包（build、buildCrossTargeting、contentFiles或分析器文件夹）和标记为开发依赖项（developmentDependency=“真”）。检查所有程序包兼容性问题。选择“确定”开始迁移。在迁移结束时，Visual Studio提供了一个带有备份路径、已安装软件包的列表（顶级依赖项），引用为可传递的包列表依赖关系，以及在开始迁移。报告将保存到备份文件夹中。验证解决方案是否构建并运行。如果您遇到问题，在GitHub上提交问题。

从文件夹位置手动删除旧程序集，然后将引用添加到新程序集可能会有所帮助。

我也犯了同样的错误。。。在我的案例中，问题解决如下：

最初安装应用程序时，这里的人在应用程序中使用了Microsoft Enterprise Library 4.1。在前一周，我的机器被格式化了，在那之后，今天当我构建应用程序时，它给了我一个错误，即缺少企业库程序集。然后我安装了Microsoft Enterprise Library 5.0，这是我在谷歌上作为第一个搜索条目获得的。然后当我构建应用程序时，它给了我上面的错误，即找到的程序集的清单定义与程序集引用不匹配。经过大量的搜索和分析，我发现应用程序引用的是4.1.0.0，bin文件夹中的DLL版本是5.0.0.0然后我安装了Microsoft Enterprise Library 4.1。删除先前的引用（5.0）并添加4.0引用。构建应用程序（&V）。。。它奏效了。

如果您遇到类似“找到的程序集的清单定义与程序集引用不匹配”的错误，并且您已经通过VS中的“项目”>“管理NuGet程序包和更新”选项卡进行了更新，那么您可以做的第一件事就是在从NuGet Gallery页面检查版本并从package Manager控制台运行以下命令后，尝试安装另一个版本的程序包：

PM> Install-Package YourPackageName -Version YourVersionNumber 
//Example
PM> Install-Package Microsoft.Extensions.FileProviders.Physical -Version 2.1.0

虽然答案和所讨论的包并没有直接关系，而且早在很久以前就有人问过它，但它是一种通用的，仍然相关，希望它能帮助一些人。

清理并重建解决方案可能不会替换输出目录中的所有dll。

我建议尝试将文件夹从“bin”重命名为“oldbin”或将“obj”重命名为”oldobj“

然后再次尝试建立您的解决方案。

如果您正在使用任何第三方dll，则需要在成功构建后将其复制到新创建的“bin”或“obj”文件夹中。

希望这对你有用。