在Team Foundation Server的生成服务上生成时遇到此错误。结果发现，我的解决方案中有多个项目，使用NuGet添加的同一库的不同版本。我删除了NuGet的所有旧版本，并添加了新版本作为所有版本的参考。

Team Foundation Server将所有DLL文件放在一个目录中，当然，一次只能有一个具有特定名称的DLL文件。

如果将AssemblyInfo.cs与AssemblyVersion标记一起使用，并且.csproj文件具有不同的值，也可能发生这种情况。通过匹配AssemblyInfo或一起删除该部分，问题就消失了。

我得到了：

无法加载文件或程序集“XXX new”或其依赖项之一。找到的程序集的清单定义与程序集引用不匹配。（HRESULT的异常：0x80131040）

这是因为我将程序集的名称从XXX.dll更改为XXX-new.dll。将名称还原为原始名称修复了错误。

我的问题是将源代码复制到一台新机器上，而不覆盖任何引用的程序集。

我没有采取任何措施来纠正错误，所以匆忙中，我删除了BIN目录。重新构建了我的源代码，从那时起就开始工作了。

如果您遇到类似“找到的程序集的清单定义与程序集引用不匹配”的错误，并且您已经通过VS中的“项目”>“管理NuGet程序包和更新”选项卡进行了更新，那么您可以做的第一件事就是在从NuGet Gallery页面检查版本并从package Manager控制台运行以下命令后，尝试安装另一个版本的程序包：

PM> Install-Package YourPackageName -Version YourVersionNumber 
//Example
PM> Install-Package Microsoft.Extensions.FileProviders.Physical -Version 2.1.0

虽然答案和所讨论的包并没有直接关系，而且早在很久以前就有人问过它，但它是一种通用的，仍然相关，希望它能帮助一些人。

在我的案例中，在运行ASP.NET应用程序时发生了此错误。解决方案是：

删除项目文件夹中的obj和bin文件夹

清理不起作用，重建不起作用。所有引用都很好，但它没有编写其中一个库。删除这些目录后，一切都很顺利。