Git-subtree正是为这样的用例设计的脚本:将多个存储库合并为一个，同时保留历史(和/或分割子树的历史，尽管这似乎与这个问题无关)。从1.7.11版开始，它作为git树的一部分发布。

要合并一个<repo> at revision <rev> as subdirectory <prefix>的仓库，使用git子树add，如下所示:

git subtree add -P <prefix> <repo> <rev>

Git-subtree以一种更用户友好的方式实现子树合并策略。

对于您的情况，在存储库YYY中，您将运行:

git subtree add -P ZZZ /path/to/XXX.git master

缺点是在合并的历史中文件没有前缀(不在子目录中)。因此，git log ZZZ/a会显示除了合并历史之外的所有更改(如果有的话)。你可以:

git log --follow -- a

但这不会显示合并历史中其他的变化。

换句话说，如果不更改存储库XXX中的ZZZ文件，则需要指定——follow和一个无前缀路径。如果在两个存储库中都更改它们，则有两个命令，其中没有一个显示所有更改。

这里有更多。

下面是脚本，将立即工作。

#!/bin/bash -xe
# script name: merge-repo.sh
# To merge repositories into the current.
# To see the log of the new repo use 'git log --follow -- unprefixed-filename'
# So if the file is repo/test.cpp use 'git log --follow -- test.cpp'
# I'm not sure how this will work when two files have the same name.
#
# `git branch -a` will show newly created branches.
# You can delete them if you want.
merge_another() {
    repo="$1" # url of the remote repo
    rn="$2"   # new name of the repo, you can keep the same name as well.
    git remote add ${rn} ${repo}
    git fetch ${rn}
    git merge -s ours --no-commit --allow-unrelated-histories ${rn}/master
    git read-tree --prefix=${rn}/ -u ${rn}/master
    git commit -m "Imported ${rn} as a subtree."
    git pull -s subtree ${rn} master
}

merge_another $1 $2

运行脚本。转到您希望合并另一个repo的repo，并运行脚本。

cd base-repo
./merge-repo.sh git@github.com:username/repo-to-be-merged.git repo-to-be-merged-new-name

现在将主分支上的更改推到remote/origin。根据您要做的事情，可能不需要此步骤。

git push origin master

我认为你可以使用'git mv'和'git pull'来做到这一点。

我是一个公平的git新手-所以要小心你的主存储库-但我刚刚在一个临时目录中尝试了这一点，它似乎工作。

首先-重命名XXX的结构，以匹配你想要它在YYY中的样子:

cd XXX
mkdir tmp
git mv ZZZ tmp/ZZZ
git mv tmp ZZZ

现在XXX是这样的:

XXX
 |- ZZZ
     |- ZZZ

现在使用'git pull'来获取更改:

cd ../YYY
git pull ../XXX

现在YYY是这样的:

YYY
 |- ZZZ
     |- ZZZ
 |- (other folders that already were in YYY)

可能最简单的方法是将XXX的东西拉到YYY的分支中，然后合并到master中:

多:

git remote add other /path/to/XXX
git fetch other
git checkout -b ZZZ other/master
mkdir ZZZ
git mv stuff ZZZ/stuff                      # repeat as necessary for each file/dir
git commit -m "Moved stuff to ZZZ"
git checkout master                
git merge ZZZ --allow-unrelated-histories   # should add ZZZ/ to master
git commit
git remote rm other
git branch -d ZZZ                           # to get rid of the extra branch before pushing
git push                                    # if you have a remote, that is

实际上，我刚刚用我的几个回购尝试了这个，它是有效的。不像Jörg的答案，它不会让你继续使用另一个回购，但我不认为你指定无论如何。

注意:由于这篇文章最初写于2009年，git添加了下面答案中提到的子树合并。我今天可能会用这个方法，当然这个方法仍然有效。

根据这篇文章，使用子树对我来说是有效的，只转移了适用的历史。在这里发布，以防有人需要这些步骤(确保将占位符替换为适用于你的值):

在源存储库中将子文件夹拆分为一个新的分支

Git子树拆分——prefix=<source-path-to-merge> -b subtree-split-result

在你的目标repo合并在拆分结果分支

git remote add merge-source-repo <path-to-your-source-repository>
git fetch merge-source-repo
git merge -s ours --no-commit merge-source-repo/subtree-split-result
git read-tree --prefix=<destination-path-to-merge-into> -u merge-source-repo/subtree-split-result

验证您的更改并提交

git status
git commit

别忘了

通过删除子树拆分结果分支进行清理

git branch -D subtree-split-result

删除为从源repo获取数据而添加的远程

Git远程rm merge-source-repo

如果您希望保留第二个存储库的确切提交历史，并因此保留将来轻松合并上游更改的能力，那么下面是您想要的方法。它会导致子树的未修改历史被导入到repo中，再加上一个合并提交，将合并的存储库移动到子目录中。

git remote add XXX_remote <path-or-url-to-XXX-repo>
git fetch XXX_remote
git merge -s ours --no-commit --allow-unrelated-histories XXX_remote/master
git read-tree --prefix=ZZZ/ -u XXX_remote/master
git commit -m "Imported XXX as a subtree."

你可以像这样跟踪上游的变化:

git pull -s subtree XXX_remote master

在进行合并之前，Git会自己计算出根的位置，因此您不需要在后续的合并中指定前缀。

缺点是在合并的历史中文件没有前缀(不在子目录中)。因此，git log ZZZ/a会显示除了合并历史之外的所有更改(如果有的话)。你可以:

git log --follow -- a

但这不会显示合并历史中其他的变化。

换句话说，如果不更改存储库XXX中的ZZZ文件，则需要指定——follow和一个无前缀路径。如果在两个存储库中都更改它们，则有两个命令，其中没有一个显示所有更改。

2.9之前的Git版本:你不需要给Git merge传递——allow-unrelated-histories选项。

另一个答案中的方法使用read-tree并跳过merge -s ours步骤，实际上与使用cp复制文件并提交结果没有什么不同。

原始来源来自github的“子树合并”帮助文章。这是另一个有用的链接。