这个函数会将远程repo复制到本地repo目录，合并后所有的提交都会被保存，git日志会显示原始的提交和正确的路径:

function git-add-repo
{
    repo="$1"
    dir="$(echo "$2" | sed 's/\/$//')"
    path="$(pwd)"

    tmp="$(mktemp -d)"
    remote="$(echo "$tmp" | sed 's/\///g'| sed 's/\./_/g')"

    git clone "$repo" "$tmp"
    cd "$tmp"

    git filter-branch --index-filter '
        git ls-files -s |
        sed "s,\t,&'"$dir"'/," |
        GIT_INDEX_FILE="$GIT_INDEX_FILE.new" git update-index --index-info &&
        mv "$GIT_INDEX_FILE.new" "$GIT_INDEX_FILE"
    ' HEAD

    cd "$path"
    git remote add -f "$remote" "file://$tmp/.git"
    git pull "$remote/master"
    git merge --allow-unrelated-histories -m "Merge repo $repo into master" --edit "$remote/master"
    git remote remove "$remote"
    rm -rf "$tmp"
}

使用方法:

cd current/package
git-add-repo https://github.com/example/example dir/to/save

如果做一点改变，你甚至可以移动文件/dirs合并repo到不同的路径，例如:

repo="https://github.com/example/example"
path="$(pwd)"

tmp="$(mktemp -d)"
remote="$(echo "$tmp" | sed 's/\///g' | sed 's/\./_/g')"

git clone "$repo" "$tmp"
cd "$tmp"

GIT_ADD_STORED=""

function git-mv-store
{
    from="$(echo "$1" | sed 's/\./\\./')"
    to="$(echo "$2" | sed 's/\./\\./')"

    GIT_ADD_STORED+='s,\t'"$from"',\t'"$to"',;'
}

# NOTICE! This paths used for example! Use yours instead!
git-mv-store 'public/index.php' 'public/admin.php'
git-mv-store 'public/data' 'public/x/_data'
git-mv-store 'public/.htaccess' '.htaccess'
git-mv-store 'core/config' 'config/config'
git-mv-store 'core/defines.php' 'defines/defines.php'
git-mv-store 'README.md' 'doc/README.md'
git-mv-store '.gitignore' 'unneeded/.gitignore'

git filter-branch --index-filter '
    git ls-files -s |
    sed "'"$GIT_ADD_STORED"'" |
    GIT_INDEX_FILE="$GIT_INDEX_FILE.new" git update-index --index-info &&
    mv "$GIT_INDEX_FILE.new" "$GIT_INDEX_FILE"
' HEAD

GIT_ADD_STORED=""

cd "$path"
git remote add -f "$remote" "file://$tmp/.git"
git pull "$remote/master"
git merge --allow-unrelated-histories -m "Merge repo $repo into master" --edit "$remote/master"
git remote remove "$remote"
rm -rf "$tmp"

通知 路径替换通过sed，所以确保它在合并后移动到正确的路径。 ——allow-unrelated-histories参数只存在于git >= 2.9之后。

如果您希望保留第二个存储库的确切提交历史，并因此保留将来轻松合并上游更改的能力，那么下面是您想要的方法。它会导致子树的未修改历史被导入到repo中，再加上一个合并提交，将合并的存储库移动到子目录中。

git remote add XXX_remote <path-or-url-to-XXX-repo>
git fetch XXX_remote
git merge -s ours --no-commit --allow-unrelated-histories XXX_remote/master
git read-tree --prefix=ZZZ/ -u XXX_remote/master
git commit -m "Imported XXX as a subtree."

你可以像这样跟踪上游的变化:

git pull -s subtree XXX_remote master

在进行合并之前，Git会自己计算出根的位置，因此您不需要在后续的合并中指定前缀。

缺点是在合并的历史中文件没有前缀(不在子目录中)。因此，git log ZZZ/a会显示除了合并历史之外的所有更改(如果有的话)。你可以:

git log --follow -- a

但这不会显示合并历史中其他的变化。

换句话说，如果不更改存储库XXX中的ZZZ文件，则需要指定——follow和一个无前缀路径。如果在两个存储库中都更改它们，则有两个命令，其中没有一个显示所有更改。

2.9之前的Git版本:你不需要给Git merge传递——allow-unrelated-histories选项。

另一个答案中的方法使用read-tree并跳过merge -s ours步骤，实际上与使用cp复制文件并提交结果没有什么不同。

原始来源来自github的“子树合并”帮助文章。这是另一个有用的链接。

我当时在找-s他们的，当然，这个策略不存在。我的历史是我在GitHub上分叉了一个项目，现在由于某种原因，我的本地master不能与上游/master合并，尽管我没有对这个分支做任何本地更改。(真的不知道那里发生了什么——我猜上游在幕后做了一些肮脏的推动，可能吧?)

我最后做的是

# as per https://help.github.com/articles/syncing-a-fork/
git fetch upstream
git checkout master
git merge upstream/master
....
# Lots of conflicts, ended up just abandonging this approach
git reset --hard   # Ditch failed merge
git checkout upstream/master
# Now in detached state
git branch -d master # !
git checkout -b master   # create new master from upstream/master

所以现在我的master再次与upstream/master同步(你可以对任何其他分支重复上面的步骤，你也想进行类似的同步)。

根据这篇文章，使用子树对我来说是有效的，只转移了适用的历史。在这里发布，以防有人需要这些步骤(确保将占位符替换为适用于你的值):

在源存储库中将子文件夹拆分为一个新的分支

Git子树拆分——prefix=<source-path-to-merge> -b subtree-split-result

在你的目标repo合并在拆分结果分支

git remote add merge-source-repo <path-to-your-source-repository>
git fetch merge-source-repo
git merge -s ours --no-commit merge-source-repo/subtree-split-result
git read-tree --prefix=<destination-path-to-merge-into> -u merge-source-repo/subtree-split-result

验证您的更改并提交

git status
git commit

别忘了

通过删除子树拆分结果分支进行清理

git branch -D subtree-split-result

删除为从源repo获取数据而添加的远程

Git远程rm merge-source-repo

Git仓库本身就有一个著名的实例，在Git社区中被统称为“有史以来最酷的合并”(以Linus Torvalds在给Git邮件列表中描述这次合并的电子邮件的主题行命名)。在这种情况下，gitk Git GUI现在是Git的一部分，实际上曾经是一个单独的项目。Linus设法将该存储库合并到Git存储库中

它出现在Git存储库中，就好像它一直是作为Git的一部分开发的一样， 所有的历史都保存完好 它仍然可以在旧的存储库中独立开发，只需通过git提取更改即可。

电子邮件包含了复制所需的步骤，但不适合胆小的人:首先，Linus写了Git，所以他可能比你我知道得多一些;其次，这是近5年前的事情了，Git从那时起已经有了很大的改进，所以现在可能要容易得多。

特别是，我猜现在人们会在这种特定情况下使用gitk子模块。

Git-subtree正是为这样的用例设计的脚本:将多个存储库合并为一个，同时保留历史(和/或分割子树的历史，尽管这似乎与这个问题无关)。从1.7.11版开始，它作为git树的一部分发布。

要合并一个<repo> at revision <rev> as subdirectory <prefix>的仓库，使用git子树add，如下所示:

git subtree add -P <prefix> <repo> <rev>

Git-subtree以一种更用户友好的方式实现子树合并策略。

对于您的情况，在存储库YYY中，您将运行:

git subtree add -P ZZZ /path/to/XXX.git master

缺点是在合并的历史中文件没有前缀(不在子目录中)。因此，git log ZZZ/a会显示除了合并历史之外的所有更改(如果有的话)。你可以:

git log --follow -- a

但这不会显示合并历史中其他的变化。

换句话说，如果不更改存储库XXX中的ZZZ文件，则需要指定——follow和一个无前缀路径。如果在两个存储库中都更改它们，则有两个命令，其中没有一个显示所有更改。

这里有更多。