这个问题的大多数答案都过时、不完整或不必要的复杂。

使用git 1.7.8或更高版本克隆的子模块将在您的本地存储库中最多留下四条自己的痕迹。删除这四个轨迹的过程由以下三个命令给出：

# Remove the submodule entry from .git/config
git submodule deinit -f path/to/submodule

# Remove the submodule directory from the superproject's .git/modules directory
rm -rf .git/modules/path/to/submodule

# Remove the entry in .gitmodules and remove the submodule directory located at path/to/submodule
git rm -f path/to/submodule

只是一张纸条。从git1.8.5.2开始，有两个命令可以执行：

git rm -r the_submodule
rm -rf .git/modules/the_submodule

正如@Mark Cheverton的回答正确指出的那样，如果没有使用第二行，即使您现在删除了子模块，剩余的.git/modules/the_submodule文件夹也将阻止将来添加或替换相同的子模块。此外，正如@VonC所提到的，gitrm将在子模块上完成大部分工作。

--更新（07/05/2017）--

为了澄清，_submodule是项目中子模块的相对路径。例如，如果子模块位于子目录subdir内，则为subdir/my_submodule。

正如评论和其他答案中正确指出的，这两个命令（虽然功能上足以删除子模块）确实在.git/config的[submodule“the_submodule”]部分留下了痕迹（截至2017年7月），可以使用第三个命令删除：

git config -f .git/config --remove-section submodule.the_submodule 2> /dev/null

如果您刚刚添加了子模块，例如，您只是添加了错误的子模块或将其添加到了错误的位置，只需执行git stash，然后删除文件夹。这是假设添加子模块是您在最近的回购中唯一做的事情。

我发现deinit对我很好：

git submodule deinit <submodule-name>    
git rm <submodule-name>

从git文档：

解交织注销给定子模块，即删除整个子模块$名称git/config中的部分及其工作树。

所有的答案看起来都过时了。我使用的是git版本2.28.0。一行回答是，

git rm path-to-submodule

然而，即使从源代码管理中删除了子模块，.git/modules/path到子模块仍然包含子模块存储库，.git/config包含其URL，因此您仍然需要手动删除这些子模块：

git config --remove-section submodule.path-to-submodule
rm -rf .git/modules/path-to-submodule

有时，必须使用-f标志：

$ git rm -f img2vec

例如，因为您可能会收到如下错误：

$ git rm img2vec/
error: the following file has changes staged in the index:
    img2vec
(use --cached to keep the file, or -f to force removal)

使用Magit的简单解决方案

如果您在Emacs下使用Magit，则可以执行以下操作：

转到项目根目录，然后

M-x，magit列表子模块

then

M-x，删除magit子模块

系统将询问您要删除哪个子模块。

就是这样！

（我的Magit版本是v3.3.0）