我在r中有一个很大的性能问题。我写了一个迭代data.frame对象的函数。它只是简单地向data.frame添加一个新列并累积一些东西。(操作简单)。data.frame大约有850K行。我的电脑还在工作(大约10小时了),我不知道运行时间。

dayloop2 <- function(temp){
    for (i in 1:nrow(temp)){    
        temp[i,10] <- i
        if (i > 1) {             
            if ((temp[i,6] == temp[i-1,6]) & (temp[i,3] == temp[i-1,3])) { 
                temp[i,10] <- temp[i,9] + temp[i-1,10]                    
            } else {
                temp[i,10] <- temp[i,9]                                    
            }
        } else {
            temp[i,10] <- temp[i,9]
        }
    }
    names(temp)[names(temp) == "V10"] <- "Kumm."
    return(temp)
}

有什么办法可以加快这次行动吗?


当前回答

通过使用索引或嵌套的ifelse()语句跳过循环,可以更快地实现这一点。

idx <- 1:nrow(temp)
temp[,10] <- idx
idx1 <- c(FALSE, (temp[-nrow(temp),6] == temp[-1,6]) & (temp[-nrow(temp),3] == temp[-1,3]))
temp[idx1,10] <- temp[idx1,9] + temp[which(idx1)-1,10] 
temp[!idx1,10] <- temp[!idx1,9]    
temp[1,10] <- temp[1,9]
names(temp)[names(temp) == "V10"] <- "Kumm."

其他回答

这里的答案很好。有一个小方面没有被提及,那就是这个问题说的是“我的电脑还在工作(现在大约10小时了),我不知道运行时间”。在开发时,我总是将以下代码放入循环中,以了解更改如何影响速度,并监视完成所需的时间。

dayloop2 <- function(temp){
  for (i in 1:nrow(temp)){
    cat(round(i/nrow(temp)*100,2),"%    \r") # prints the percentage complete in realtime.
    # do stuff
  }
  return(blah)
}

也可以使用lapply。

dayloop2 <- function(temp){
  temp <- lapply(1:nrow(temp), function(i) {
    cat(round(i/nrow(temp)*100,2),"%    \r")
    #do stuff
  })
  return(temp)
}

如果循环中的函数非常快,但循环的数量很大,那么可以考虑偶尔打印一次,因为打印到控制台本身会有开销。如。

dayloop2 <- function(temp){
  for (i in 1:nrow(temp)){
    if(i %% 100 == 0) cat(round(i/nrow(temp)*100,2),"%    \r") # prints every 100 times through the loop
    # do stuff
  }
  return(temp)
}

看一下{purrr}中的accumulate()函数:

dayloop_accumulate <- function(temp) {
  temp %>%
    as_tibble() %>%
     mutate(cond = c(FALSE, (V6 == lag(V6) & V3 == lag(V3))[-1])) %>%
    mutate(V10 = V9 %>% 
             purrr::accumulate2(.y = cond[-1], .f = function(.i_1, .i, .y) {
               if(.y) {
                 .i_1 + .i
               } else {
                 .i
               }
             }) %>% unlist()) %>%
    select(-cond)
}

在R中,您通常可以通过使用apply族函数来加速循环处理(在您的示例中,可能是复制)。看一下提供进度条的plyr包。

另一种选择是完全避免循环,用向量化算法代替它们。我不确定你到底在做什么,但你可能可以将你的函数一次性应用到所有行:

temp[1:nrow(temp), 10] <- temp[1:nrow(temp), 9] + temp[0:(nrow(temp)-1), 10]

这将会快得多,然后你可以用你的条件过滤行:

cond.i <- (temp[i, 6] == temp[i-1, 6]) & (temp[i, 3] == temp[i-1, 3])
temp[cond.i, 10] <- temp[cond.i, 9]

向量化算术需要更多的时间和思考问题,但有时可以节省几个数量级的执行时间。

通过使用索引或嵌套的ifelse()语句跳过循环,可以更快地实现这一点。

idx <- 1:nrow(temp)
temp[,10] <- idx
idx1 <- c(FALSE, (temp[-nrow(temp),6] == temp[-1,6]) & (temp[-nrow(temp),3] == temp[-1,3]))
temp[idx1,10] <- temp[idx1,9] + temp[which(idx1)-1,10] 
temp[!idx1,10] <- temp[!idx1,9]    
temp[1,10] <- temp[1,9]
names(temp)[names(temp) == "V10"] <- "Kumm."

处理数据。表是一个可行的选择:

n <- 1000000
df <- as.data.frame(matrix(sample(1:10, n*9, TRUE), n, 9))
colnames(df) <- paste("col", 1:9, sep = "")

library(data.table)

dayloop2.dt <- function(df) {
  dt <- data.table(df)
  dt[, Kumm. := {
    res <- .I;
    ifelse (res > 1,             
      ifelse ((col6 == shift(col6, fill = 0)) & (col3 == shift(col3, fill = 0)) , 
        res <- col9 + shift(res)                   
      , # else
        res <- col9                                 
      )
     , # else
      res <- col9
    )
  }
  ,]
  res <- data.frame(dt)
  return (res)
}

res <- dayloop2.dt(df)

m <- microbenchmark(dayloop2.dt(df), times = 100)
#Unit: milliseconds
#       expr      min        lq     mean   median       uq      max neval
#dayloop2.dt(df) 436.4467 441.02076 578.7126 503.9874 575.9534 966.1042    10

如果忽略条件过滤可能带来的收益,它会非常快。显然,如果您可以在数据子集上进行计算,则会有所帮助。