这里的答案很好。有一个小方面没有被提及，那就是这个问题说的是“我的电脑还在工作(现在大约10小时了)，我不知道运行时间”。在开发时，我总是将以下代码放入循环中，以了解更改如何影响速度，并监视完成所需的时间。

dayloop2 <- function(temp){
  for (i in 1:nrow(temp)){
    cat(round(i/nrow(temp)*100,2),"%    \r") # prints the percentage complete in realtime.
    # do stuff
  }
  return(blah)
}

也可以使用lapply。

dayloop2 <- function(temp){
  temp <- lapply(1:nrow(temp), function(i) {
    cat(round(i/nrow(temp)*100,2),"%    \r")
    #do stuff
  })
  return(temp)
}

如果循环中的函数非常快，但循环的数量很大，那么可以考虑偶尔打印一次，因为打印到控制台本身会有开销。如。

dayloop2 <- function(temp){
  for (i in 1:nrow(temp)){
    if(i %% 100 == 0) cat(round(i/nrow(temp)*100,2),"%    \r") # prints every 100 times through the loop
    # do stuff
  }
  return(temp)
}

最大的问题和无效的根源是索引data.frame，我的意思是所有你使用temp[，]的行。 尽量避免这种情况。我把你的函数，更改索引，这里是version_A

dayloop2_A <- function(temp){
    res <- numeric(nrow(temp))
    for (i in 1:nrow(temp)){    
        res[i] <- i
        if (i > 1) {             
            if ((temp[i,6] == temp[i-1,6]) & (temp[i,3] == temp[i-1,3])) { 
                res[i] <- temp[i,9] + res[i-1]                   
            } else {
                res[i] <- temp[i,9]                                    
            }
        } else {
            res[i] <- temp[i,9]
        }
    }
    temp$`Kumm.` <- res
    return(temp)
}

正如你所看到的，我创建了收集结果的向量。最后，我将它添加到data.frame，我不需要打乱名称。 那么它有多好呢?

我用nrow从1000到10,000 × 1000运行data.frame的每个函数，并用system.time测量时间

X <- as.data.frame(matrix(sample(1:10, n*9, TRUE), n, 9))
system.time(dayloop2(X))

结果是

您可以看到您的版本以指数方式依赖于nrow(X)。修正后的模型有线性关系，简单的lm模型预测850,000行计算需要6分10秒。

向量化的力量

正如Shane和Calimo在他们的答案中所述，向量化是获得更好性能的关键。 从你的代码，你可以移动到循环之外:

调节 结果的初始化(是temp[i,9])

这导致了这段代码

dayloop2_B <- function(temp){
    cond <- c(FALSE, (temp[-nrow(temp),6] == temp[-1,6]) & (temp[-nrow(temp),3] == temp[-1,3]))
    res <- temp[,9]
    for (i in 1:nrow(temp)) {
        if (cond[i]) res[i] <- temp[i,9] + res[i-1]
    }
    temp$`Kumm.` <- res
    return(temp)
}

比较这个函数的结果，这次是nrow从10,000到100,000乘10,000。

调谐调谐

另一个调整是将循环索引temp[i,9]更改为res[i](在第i个循环迭代中完全相同)。 这又是索引向量和索引data。frame的区别。 第二件事:当你查看循环时，你可以看到不需要遍历所有的i，而只对符合条件的i进行遍历。 我们开始吧

dayloop2_D <- function(temp){
    cond <- c(FALSE, (temp[-nrow(temp),6] == temp[-1,6]) & (temp[-nrow(temp),3] == temp[-1,3]))
    res <- temp[,9]
    for (i in (1:nrow(temp))[cond]) {
        res[i] <- res[i] + res[i-1]
    }
    temp$`Kumm.` <- res
    return(temp)
}

您获得的性能高度依赖于数据结构。准确地说-在条件中TRUE值的百分比。 对于我的模拟数据，它需要850,000行小于1秒的计算时间。

如果你想更进一步，我认为至少有两件事是可以做到的:

写一个C代码来做条件累加 如果你知道你的数据Max序列不是很大，那么你可以把循环改为向量化 While (any(cond)) { cond <- c(FALSE, cond[-1] & !cond[-n]) Res [indx] <- Res [indx] + Res [which(indx)-1] cond[indx] <- FALSE ｝

用于模拟和图形的代码可在GitHub上获得。

通过使用索引或嵌套的ifelse()语句跳过循环，可以更快地实现这一点。

idx <- 1:nrow(temp)
temp[,10] <- idx
idx1 <- c(FALSE, (temp[-nrow(temp),6] == temp[-1,6]) & (temp[-nrow(temp),3] == temp[-1,3]))
temp[idx1,10] <- temp[idx1,9] + temp[which(idx1)-1,10] 
temp[!idx1,10] <- temp[!idx1,9]    
temp[1,10] <- temp[1,9]
names(temp)[names(temp) == "V10"] <- "Kumm."

我不喜欢重写代码……当然，ifelse和lapply是更好的选择，但有时很难匹配。

我经常使用data.frames，就像使用df$var[I]这样的列表一样

这里有一个虚构的例子:

nrow=function(x){ ##required as I use nrow at times.
  if(class(x)=='list') {
    length(x[[names(x)[1]]])
  }else{
    base::nrow(x)
  }
}

system.time({
  d=data.frame(seq=1:10000,r=rnorm(10000))
  d$foo=d$r
  d$seq=1:5
  mark=NA
  for(i in 1:nrow(d)){
    if(d$seq[i]==1) mark=d$r[i]
    d$foo[i]=mark
  }
})

system.time({
  d=data.frame(seq=1:10000,r=rnorm(10000))
  d$foo=d$r
  d$seq=1:5
  d=as.list(d) #become a list
  mark=NA
  for(i in 1:nrow(d)){
    if(d$seq[i]==1) mark=d$r[i]
    d$foo[i]=mark
  }
  d=as.data.frame(d) #revert back to data.frame
})

data.frame版本:

   user  system elapsed 
   0.53    0.00    0.53

表版本:

   user  system elapsed 
   0.04    0.00    0.03 

使用向量列表比data.frame快17倍。

对于为什么内部data.frames在这方面这么慢，有什么意见吗?有人会认为它们像列表一样运作……

为了更快地编写代码，使用class(d)='list'而不是d=as.list(d)和class(d)='data.frame'

system.time({
  d=data.frame(seq=1:10000,r=rnorm(10000))
  d$foo=d$r
  d$seq=1:5
  class(d)='list'
  mark=NA
  for(i in 1:nrow(d)){
    if(d$seq[i]==1) mark=d$r[i]
    d$foo[i]=mark
  }
  class(d)='data.frame'
})
head(d)

加速R代码的一般策略

首先，弄清楚慢的部分到底在哪里。没有必要优化运行速度不慢的代码。对于少量的代码，简单地思考一下就可以了。如果失败了，RProf和类似的分析工具可能会有所帮助。

一旦你找到了瓶颈，考虑更有效的算法来做你想做的事情。如果可能，计算应该只运行一次，因此:

存储结果并访问它们，而不是重复地重新计算 从循环中取出非依赖于循环的计算 避免不必要的计算(例如，不要使用固定搜索的正则表达式)

使用更有效的函数可以产生中等或较大的速度增益。例如，paste0会产生很小的效率提高，而. colsum()及其相关项会产生更明显的效率提高。Mean特别慢。

这样你就可以避免一些特别常见的问题:

Cbind会很快让你慢下来。 初始化数据结构，然后填充它们，而不是逐个展开它们 时间。 即使使用预分配，您也可以切换到按引用传递方法而不是按值传递方法，但这样做可能不值得这么麻烦。 看看R地狱更多的陷阱要避免。

尝试更好的向量化，这通常有帮助，但并不总是有帮助。在这方面，固有的向量化命令，如ifelse、diff等，将比apply命令系列提供更多的改进(对于编写良好的循环，apply命令系列几乎没有提高速度)。

您还可以尝试为R函数提供更多信息。例如，使用vapply而不是sapply，并在读入基于文本的数据时指定colClasses。速度的增加取决于你消除了多少猜测。

接下来，考虑优化的包:数据。在数据操作和读取大量数据(fread)时，表包可以在可能的情况下产生巨大的速度增益。

接下来，尝试通过调用R的更有效的方法来提高速度:

Compile your R script. Or use the Ra and jit packages in concert for just-in-time compilation (Dirk has an example in this presentation). Make sure you're using an optimized BLAS. These provide across-the-board speed gains. Honestly, it's a shame that R doesn't automatically use the most efficient library on install. Hopefully Revolution R will contribute the work that they've done here back to the overall community. Radford Neal has done a bunch of optimizations, some of which were adopted into R Core, and many others which were forked off into pqR.

最后，如果以上所有方法仍然不能让您达到所需的速度，您可能需要使用更快的语言来处理速度较慢的代码片段。Rcpp和内联的组合使得用c++代码替换算法中最慢的部分特别容易。例如，这里是我第一次尝试这样做，它甚至击败了高度优化的R解。

如果在这之后你仍然有麻烦，你只是需要更多的计算能力。看看并行化(http://cran.r-project.org/web/views/HighPerformanceComputing.html)或者甚至是基于gpu的解决方案(gpu-tools)。

其他指引的连结

http://www.noamross.net/blog/2013/4/25/faster-talk.html

在R中，您通常可以通过使用apply族函数来加速循环处理(在您的示例中，可能是复制)。看一下提供进度条的plyr包。

另一种选择是完全避免循环，用向量化算法代替它们。我不确定你到底在做什么，但你可能可以将你的函数一次性应用到所有行:

temp[1:nrow(temp), 10] <- temp[1:nrow(temp), 9] + temp[0:(nrow(temp)-1), 10]

这将会快得多，然后你可以用你的条件过滤行:

cond.i <- (temp[i, 6] == temp[i-1, 6]) & (temp[i, 3] == temp[i-1, 3])
temp[cond.i, 10] <- temp[cond.i, 9]

向量化算术需要更多的时间和思考问题，但有时可以节省几个数量级的执行时间。