我在r中有一个很大的性能问题。我写了一个迭代data.frame对象的函数。它只是简单地向data.frame添加一个新列并累积一些东西。(操作简单)。data.frame大约有850K行。我的电脑还在工作(大约10小时了)，我不知道运行时间。
dayloop2 <- function(temp){
for (i in 1:nrow(temp)){
temp[i,10] <- i
if (i > 1) {
if ((temp[i,6] == temp[i-1,6]) & (temp[i,3] == temp[i-1,3])) {
temp[i,10] <- temp[i,9] + temp[i-1,10]
} else {
temp[i,10] <- temp[i,9]
}
} else {
temp[i,10] <- temp[i,9]
}
}
names(temp)[names(temp) == "V10"] <- "Kumm."
return(temp)
}
有什么办法可以加快这次行动吗?
如果你在使用for循环，你很可能会像编写C或Java或其他语言一样编写R。正确向量化的R代码非常快。
以这两段简单的代码为例，按顺序生成一个10,000个整数的列表:
第一个代码示例是如何使用传统的编码范式编写循环代码。它需要28秒才能完成
system.time({
a <- NULL
for(i in 1:1e5)a[i] <- i
})
user system elapsed
28.36 0.07 28.61
你可以通过简单的预分配内存来获得几乎100倍的性能提升:
system.time({
a <- rep(1, 1e5)
for(i in 1:1e5)a[i] <- i
})
user system elapsed
0.30 0.00 0.29
但是使用冒号操作符的基本R向量操作:这个操作几乎是瞬时的:
system.time(a <- 1:1e5)
user system elapsed
0 0 0
正如Ari在他的回答的最后提到的，Rcpp和内联包使事情变得非常容易。作为一个例子，试试下面的内联代码(警告:未测试):
body <- 'Rcpp::NumericMatrix nm(temp);
int nrtemp = Rccp::as<int>(nrt);
for (int i = 0; i < nrtemp; ++i) {
temp(i, 9) = i
if (i > 1) {
if ((temp(i, 5) == temp(i - 1, 5) && temp(i, 2) == temp(i - 1, 2) {
temp(i, 9) = temp(i, 8) + temp(i - 1, 9)
} else {
temp(i, 9) = temp(i, 8)
}
} else {
temp(i, 9) = temp(i, 8)
}
return Rcpp::wrap(nm);
'
settings <- getPlugin("Rcpp")
# settings$env$PKG_CXXFLAGS <- paste("-I", getwd(), sep="") if you want to inc files in wd
dayloop <- cxxfunction(signature(nrt="numeric", temp="numeric"), body-body,
plugin="Rcpp", settings=settings, cppargs="-I/usr/include")
dayloop2 <- function(temp) {
# extract a numeric matrix from temp, put it in tmp
nc <- ncol(temp)
nm <- dayloop(nc, temp)
names(temp)[names(temp) == "V10"] <- "Kumm."
return(temp)
}
对于#include也有类似的过程，只需要传递一个参数
inc <- '#include <header.h>
到cxxfunction，如include=inc。最酷的是它为你做了所有的链接和编译，所以原型制作非常快。
免责声明:我不完全确定tmp的类应该是数字而不是数字矩阵或其他东西。但我基本确定。
编辑:如果你在此之后仍然需要更快的速度，OpenMP是一个适合c++的并行化工具。我还没有尝试从内联使用它，但它应该工作。这个想法是，在n个核的情况下，循环迭代k由k % n执行。Matloff的《R编程的艺术》中有一个合适的介绍，在这里，第16章，求助于C。
在R中，您通常可以通过使用apply族函数来加速循环处理(在您的示例中，可能是复制)。看一下提供进度条的plyr包。
另一种选择是完全避免循环，用向量化算法代替它们。我不确定你到底在做什么，但你可能可以将你的函数一次性应用到所有行:
temp[1:nrow(temp), 10] <- temp[1:nrow(temp), 9] + temp[0:(nrow(temp)-1), 10]
这将会快得多，然后你可以用你的条件过滤行:
cond.i <- (temp[i, 6] == temp[i-1, 6]) & (temp[i, 3] == temp[i-1, 3])
temp[cond.i, 10] <- temp[cond.i, 9]
向量化算术需要更多的时间和思考问题，但有时可以节省几个数量级的执行时间。
通过使用索引或嵌套的ifelse()语句跳过循环，可以更快地实现这一点。
idx <- 1:nrow(temp)
temp[,10] <- idx
idx1 <- c(FALSE, (temp[-nrow(temp),6] == temp[-1,6]) & (temp[-nrow(temp),3] == temp[-1,3]))
temp[idx1,10] <- temp[idx1,9] + temp[which(idx1)-1,10]
temp[!idx1,10] <- temp[!idx1,9]
temp[1,10] <- temp[1,9]
names(temp)[names(temp) == "V10"] <- "Kumm."
如果你在使用for循环，你很可能会像编写C或Java或其他语言一样编写R。正确向量化的R代码非常快。
以这两段简单的代码为例，按顺序生成一个10,000个整数的列表:
第一个代码示例是如何使用传统的编码范式编写循环代码。它需要28秒才能完成
system.time({
a <- NULL
for(i in 1:1e5)a[i] <- i
})
user system elapsed
28.36 0.07 28.61
你可以通过简单的预分配内存来获得几乎100倍的性能提升:
system.time({
a <- rep(1, 1e5)
for(i in 1:1e5)a[i] <- i
})
user system elapsed
0.30 0.00 0.29
但是使用冒号操作符的基本R向量操作:这个操作几乎是瞬时的:
system.time(a <- 1:1e5)
user system elapsed
0 0 0
我不喜欢重写代码……当然，ifelse和lapply是更好的选择，但有时很难匹配。
我经常使用data.frames，就像使用df$var[I]这样的列表一样
这里有一个虚构的例子:
nrow=function(x){ ##required as I use nrow at times.
if(class(x)=='list') {
length(x[[names(x)[1]]])
}else{
base::nrow(x)
}
}
system.time({
d=data.frame(seq=1:10000,r=rnorm(10000))
d$foo=d$r
d$seq=1:5
mark=NA
for(i in 1:nrow(d)){
if(d$seq[i]==1) mark=d$r[i]
d$foo[i]=mark
}
})
system.time({
d=data.frame(seq=1:10000,r=rnorm(10000))
d$foo=d$r
d$seq=1:5
d=as.list(d) #become a list
mark=NA
for(i in 1:nrow(d)){
if(d$seq[i]==1) mark=d$r[i]
d$foo[i]=mark
}
d=as.data.frame(d) #revert back to data.frame
})
data.frame版本:
user system elapsed
0.53 0.00 0.53
表版本:
user system elapsed
0.04 0.00 0.03
使用向量列表比data.frame快17倍。
对于为什么内部data.frames在这方面这么慢，有什么意见吗?有人会认为它们像列表一样运作……
为了更快地编写代码，使用class(d)='list'而不是d=as.list(d)和class(d)='data.frame'
system.time({
d=data.frame(seq=1:10000,r=rnorm(10000))
d$foo=d$r
d$seq=1:5
class(d)='list'
mark=NA
for(i in 1:nrow(d)){
if(d$seq[i]==1) mark=d$r[i]
d$foo[i]=mark
}
class(d)='data.frame'
})
head(d)
