在三维空间中有两个点
a = (ax, ay, az)
b = (bx, by, bz)
我想计算它们之间的距离:
dist = sqrt((ax-bx)^2 + (ay-by)^2 + (az-bz)^2)
我如何用NumPy做到这一点?我有:
import numpy
a = numpy.array((ax, ay, az))
b = numpy.array((bx, by, bz))
在三维空间中有两个点
a = (ax, ay, az)
b = (bx, by, bz)
我想计算它们之间的距离:
dist = sqrt((ax-bx)^2 + (ay-by)^2 + (az-bz)^2)
我如何用NumPy做到这一点?我有:
import numpy
a = numpy.array((ax, ay, az))
b = numpy.array((bx, by, bz))
当前回答
首先求两个矩阵的差。然后,使用numpy的multiply命令应用元素乘法。然后,求元素与新矩阵相乘的和。最后,求求和的平方根。
def findEuclideanDistance(a, b):
euclidean_distance = a - b
euclidean_distance = np.sum(np.multiply(euclidean_distance, euclidean_distance))
euclidean_distance = np.sqrt(euclidean_distance)
return euclidean_distance
其他回答
其他答案适用于浮点数,但不能正确计算整数dtype的距离,因为整数dtype容易溢出和下溢。注意,即使scipy.distance.euclidean也有这个问题:
>>> a1 = np.array([1], dtype='uint8')
>>> a2 = np.array([2], dtype='uint8')
>>> a1 - a2
array([255], dtype=uint8)
>>> np.linalg.norm(a1 - a2)
255.0
>>> from scipy.spatial import distance
>>> distance.euclidean(a1, a2)
255.0
这是很常见的,因为许多图像库将图像表示为dtype="uint8"的ndarray。这意味着,如果你有一个由深灰色像素组成的灰度图像(比如所有像素的颜色都是#000001),你将它与黑色图像(#000000)进行区分,你最终可以在所有单元格中得到x-y为255的图像,这表明两张图像彼此相距很远。对于无符号整数类型(例如uint8),你可以安全地在numpy中计算距离:
np.linalg.norm(np.maximum(x, y) - np.minimum(x, y))
对于有符号整型,可以先转换为浮点类型:
np.linalg.norm(x.astype("float") - y.astype("float"))
对于图像数据,你可以使用opencv的norm方法:
import cv2
cv2.norm(x, y, cv2.NORM_L2)
首先求两个矩阵的差。然后,使用numpy的multiply命令应用元素乘法。然后,求元素与新矩阵相乘的和。最后,求求和的平方根。
def findEuclideanDistance(a, b):
euclidean_distance = a - b
euclidean_distance = np.sum(np.multiply(euclidean_distance, euclidean_distance))
euclidean_distance = np.sqrt(euclidean_distance)
return euclidean_distance
对于那些对一次计算多个距离感兴趣的人来说,我已经使用perfplot(我的一个小项目)做了一些比较。
第一个建议是组织数据,使数组具有维数(3,n)(显然是c连续的)。如果加法发生在连续的第一维中,事情会更快,如果你使用带有axis=0的sqrt-sum, linalg,它也不会太重要。轴=0的范数,或
a_min_b = a - b
numpy.sqrt(numpy.einsum('ij,ij->j', a_min_b, a_min_b))
这是,以微弱优势,最快的变种。(这实际上也只适用于一行。)
在第二个轴上求和的变量,轴=1,都要慢得多。
代码重现情节:
import numpy
import perfplot
from scipy.spatial import distance
def linalg_norm(data):
a, b = data[0]
return numpy.linalg.norm(a - b, axis=1)
def linalg_norm_T(data):
a, b = data[1]
return numpy.linalg.norm(a - b, axis=0)
def sqrt_sum(data):
a, b = data[0]
return numpy.sqrt(numpy.sum((a - b) ** 2, axis=1))
def sqrt_sum_T(data):
a, b = data[1]
return numpy.sqrt(numpy.sum((a - b) ** 2, axis=0))
def scipy_distance(data):
a, b = data[0]
return list(map(distance.euclidean, a, b))
def sqrt_einsum(data):
a, b = data[0]
a_min_b = a - b
return numpy.sqrt(numpy.einsum("ij,ij->i", a_min_b, a_min_b))
def sqrt_einsum_T(data):
a, b = data[1]
a_min_b = a - b
return numpy.sqrt(numpy.einsum("ij,ij->j", a_min_b, a_min_b))
def setup(n):
a = numpy.random.rand(n, 3)
b = numpy.random.rand(n, 3)
out0 = numpy.array([a, b])
out1 = numpy.array([a.T, b.T])
return out0, out1
b = perfplot.bench(
setup=setup,
n_range=[2 ** k for k in range(22)],
kernels=[
linalg_norm,
linalg_norm_T,
scipy_distance,
sqrt_sum,
sqrt_sum_T,
sqrt_einsum,
sqrt_einsum_T,
],
xlabel="len(x), len(y)",
)
b.save("norm.png")
使用Python 3.8,这非常简单。
https://docs.python.org/3/library/math.html#math.dist
math.dist(p, q)
返回给定两点p和q之间的欧氏距离 作为坐标序列(或可迭代对象)。这两点一定有 相同的维度。 大致相当于: √(sum((px - qx) ** 2.0 for px, qx in zip(p, q)))
我在matplotlib中找到了一个“dist”函数。mlab,但我认为它不够方便。
我把它贴在这里只是为了参考。
import numpy as np
import matplotlib as plt
a = np.array([1, 2, 3])
b = np.array([2, 3, 4])
# Distance between a and b
dis = plt.mlab.dist(a, b)