在三维空间中有两个点
a = (ax, ay, az)
b = (bx, by, bz)
我想计算它们之间的距离:
dist = sqrt((ax-bx)^2 + (ay-by)^2 + (az-bz)^2)
我如何用NumPy做到这一点?我有:
import numpy
a = numpy.array((ax, ay, az))
b = numpy.array((bx, by, bz))
在三维空间中有两个点
a = (ax, ay, az)
b = (bx, by, bz)
我想计算它们之间的距离:
dist = sqrt((ax-bx)^2 + (ay-by)^2 + (az-bz)^2)
我如何用NumPy做到这一点?我有:
import numpy
a = numpy.array((ax, ay, az))
b = numpy.array((bx, by, bz))
当前回答
一个很好的句子:
dist = numpy.linalg.norm(a-b)
但是,如果速度是一个问题,我建议在您的机器上进行试验。我发现,在我的机器上,使用数学库的√rt和**运算符对平方进行运算要比使用一行NumPy解决方案快得多。
我用这个简单的程序进行了测试:
#!/usr/bin/python
import math
import numpy
from random import uniform
def fastest_calc_dist(p1,p2):
return math.sqrt((p2[0] - p1[0]) ** 2 +
(p2[1] - p1[1]) ** 2 +
(p2[2] - p1[2]) ** 2)
def math_calc_dist(p1,p2):
return math.sqrt(math.pow((p2[0] - p1[0]), 2) +
math.pow((p2[1] - p1[1]), 2) +
math.pow((p2[2] - p1[2]), 2))
def numpy_calc_dist(p1,p2):
return numpy.linalg.norm(numpy.array(p1)-numpy.array(p2))
TOTAL_LOCATIONS = 1000
p1 = dict()
p2 = dict()
for i in range(0, TOTAL_LOCATIONS):
p1[i] = (uniform(0,1000),uniform(0,1000),uniform(0,1000))
p2[i] = (uniform(0,1000),uniform(0,1000),uniform(0,1000))
total_dist = 0
for i in range(0, TOTAL_LOCATIONS):
for j in range(0, TOTAL_LOCATIONS):
dist = fastest_calc_dist(p1[i], p2[j]) #change this line for testing
total_dist += dist
print total_dist
在我的机器上,math_calc_dist运行得比numpy_calc_dist快得多:1.5秒对23.5秒。
为了在fastst_calc_dist和math_calc_dist之间获得一个可测量的差异,我必须将TOTAL_LOCATIONS增加到6000。然后,fastst_calc_dist耗时约50秒,math_calc_dist耗时约60秒。
您也可以尝试使用numpy。SQRT和numpy。不过这两个运算都比我机器上的数学运算要慢。
我的测试使用Python 2.6.6运行。
其他回答
用NumPy或一般的Python做这件事的最好方法是什么?我有:
最好的方法是最安全的,也是最快的
我建议使用低流量来获得可靠的结果,因为与编写自己的平方根计算器相比,下溢和溢出的几率非常小
我们来看看数学。函数,np。Hypot vs vanilla np.sqrt(np.sum(np.数组([i, j, k])) ** 2,轴=1))
i, j, k = 1e+200, 1e+200, 1e+200
math.hypot(i, j, k)
# 1.7320508075688773e+200
np.sqrt(np.sum((np.array([i, j, k])) ** 2))
# RuntimeWarning: overflow encountered in square
速度智慧的数学。Hypot看起来更好
%%timeit
math.hypot(i, j, k)
# 100 ns ± 1.05 ns per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10000000 loops each)
%%timeit
np.sqrt(np.sum((np.array([i, j, k])) ** 2))
# 6.41 µs ± 33.3 ns per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100000 loops each)
下溢
i, j = 1e-200, 1e-200
np.sqrt(i**2+j**2)
# 0.0
溢出
i, j = 1e+200, 1e+200
np.sqrt(i**2+j**2)
# inf
没有下溢
i, j = 1e-200, 1e-200
np.hypot(i, j)
# 1.414213562373095e-200
没有溢出
i, j = 1e+200, 1e+200
np.hypot(i, j)
# 1.414213562373095e+200
请参考
这种解决问题方法的另一个例子:
def dist(x,y):
return numpy.sqrt(numpy.sum((x-y)**2))
a = numpy.array((xa,ya,za))
b = numpy.array((xb,yb,zb))
dist_a_b = dist(a,b)
import math
dist = math.hypot(math.hypot(xa-xb, ya-yb), za-zb)
使用Python 3.8,这非常简单。
https://docs.python.org/3/library/math.html#math.dist
math.dist(p, q)
返回给定两点p和q之间的欧氏距离 作为坐标序列(或可迭代对象)。这两点一定有 相同的维度。 大致相当于: √(sum((px - qx) ** 2.0 for px, qx in zip(p, q)))
从Python 3.8开始
从Python 3.8开始,数学模块包含了math.dist()函数。 请看这里https://docs.python.org/3.8/library/math.html#math.dist。
数学。dist (p1, p2) 返回两点p1和p2之间的欧氏距离, 每一个都以坐标序列(或可迭代对象)给出。
import math
print( math.dist( (0,0), (1,1) )) # sqrt(2) -> 1.4142
print( math.dist( (0,0,0), (1,1,1) )) # sqrt(3) -> 1.7321