假设我们有一个包含多个data.csv文件的文件夹,每个文件包含相同数量的变量,但每个变量来自不同的时间。 在R中是否有一种方法可以同时导入它们而不是逐个导入?

我的问题是我有大约2000个数据文件要导入,并且只能通过使用代码单独导入它们:

read.delim(file="filename", header=TRUE, sep="\t")

效率不高。


当前回答

这是我开发的代码,读取所有csv文件到R.它将为每个csv文件单独创建一个dataframe,并标题dataframe文件的原始名称(删除空格和.csv),我希望你发现它有用!

path <- "C:/Users/cfees/My Box Files/Fitness/"
files <- list.files(path=path, pattern="*.csv")
for(file in files)
{
perpos <- which(strsplit(file, "")[[1]]==".")
assign(
gsub(" ","",substr(file, 1, perpos-1)), 
read.csv(paste(path,file,sep="")))
}

其他回答

这是我读取多个文件并将它们组合成1个数据帧的具体示例:

path<- file.path("C:/folder/subfolder")
files <- list.files(path=path, pattern="/*.csv",full.names = T)
library(data.table)
data = do.call(rbind, lapply(files, function(x) read.csv(x, stringsAsFactors = FALSE)))

使用plyr::ldply,在读取400个csv文件时,通过启用.parallel选项,大约可以提高50%的速度,每个文件大约30-40 MB。示例包括一个文本进度条。

library(plyr)
library(data.table)
library(doSNOW)

csv.list <- list.files(path="t:/data", pattern=".csv$", full.names=TRUE)

cl <- makeCluster(4)
registerDoSNOW(cl)

pb <- txtProgressBar(max=length(csv.list), style=3)
pbu <- function(i) setTxtProgressBar(pb, i)
dt <- setDT(ldply(csv.list, fread, .parallel=TRUE, .paropts=list(.options.snow=list(progress=pbu))))

stopCluster(cl)

下面是一些使用R base将.csv文件转换为data.frame的选项,以及一些可用来读取R文件的包。

这比下面的选项要慢。

# Get the files names
files = list.files(pattern="*.csv")
# First apply read.csv, then rbind
myfiles = do.call(rbind, lapply(files, function(x) read.csv(x, stringsAsFactors = FALSE)))

编辑:-更多的额外选择使用数据。表和读取器

一个fread()版本,它是数据的函数。表方案。这是目前为止R中最快的选项。

library(data.table)
DT = do.call(rbind, lapply(files, fread))
# The same using `rbindlist`
DT = rbindlist(lapply(files, fread))

使用readr,这是另一个读取csv文件的包。它比fread慢,比base R快,但功能不同。

library(readr)
library(dplyr)
tbl = lapply(files, read_csv) %>% bind_rows()

如下所示,每个数据帧都应该作为单个列表中的单独元素:

temp = list.files(pattern="*.csv")
myfiles = lapply(temp, read.delim)

这里假设您将这些csv文件放在一个目录(您当前的工作目录)中,并且它们都具有小写扩展名.csv。

如果你想把这些数据帧组合成一个单一的数据帧,请参考其他答案中的解决方案,如do.call(rbind,…),dplyr::bind_rows()或data.table::rbindlist()。

如果你真的想要每个数据帧在一个单独的对象中,即使这通常是不可取的,你可以使用assign执行以下操作:

temp = list.files(pattern="*.csv")
for (i in 1:length(temp)) assign(temp[i], read.csv(temp[i]))

或者,不带赋值,并演示(1)如何清理文件名以及(2)如何使用list2env,您可以尝试以下方法:

temp = list.files(pattern="*.csv")
list2env(
  lapply(setNames(temp, make.names(gsub("*.csv$", "", temp))), 
         read.csv), envir = .GlobalEnv)

但是,最好还是把它们放在一个列表中。

基于dnlbrk的注释,对于大文件,assign可以比list2env快得多。

library(readr)
library(stringr)

List_of_file_paths <- list.files(path ="C:/Users/Anon/Documents/Folder_with_csv_files/", pattern = ".csv", all.files = TRUE, full.names = TRUE)

通过将full.names参数设置为true,您将在文件列表中获得每个文件的完整路径作为单独的字符串,例如,List_of_file_paths[1]将类似于"C:/Users/Anon/Documents/Folder_with_csv_files/ fil1 .csv"

for(f in 1:length(List_of_filepaths)) {
  file_name <- str_sub(string = List_of_filepaths[f], start = 46, end = -5)
  file_df <- read_csv(List_of_filepaths[f])  
  assign( x = file_name, value = file_df, envir = .GlobalEnv)
}

你可以利用这些数据。table package的fread或base R read.csv而不是read_csv。file_name步骤允许您整理名称,以便每个数据帧不保留文件的完整路径作为其名称。 在将数据表传输到全局环境之前,您可以扩展循环对数据表做进一步的处理,例如:

for(f in 1:length(List_of_filepaths)) {
  file_name <- str_sub(string = List_of_filepaths[f], start = 46, end = -5)
  file_df <- read_csv(List_of_filepaths[f])  
  file_df <- file_df[,1:3] #if you only need the first three columns
  assign( x = file_name, value = file_df, envir = .GlobalEnv)
}