我有同样的问题，并通过简单地将指定的文件从finder拖到项目导航器(确保“复制文件”在对话框中被选中)并提交文件来解决它。

在XCode 8之后的每个项目中都有这个。这就解决了问题:

与选项键按下，产品(在标题菜单)->清洁构建文件夹。

在我的案例中，这是git和不区分大小写的文件系统的问题。

我无意中提交了两次相同的文件，使用的文件路径只在以防万一时不同:

MyProject/Resources/foo.png
MyProject/resources/foo.png

Xcode抱怨丢失了一个文件。

修正删除违规文件，并重新添加。

cd MyProject
mv Resources/foo.png /tmp
git rm Resources/foo.png
git rm resources/foo.png
git commit
mv /tmp/foo.png Resources
git add Resources/foo.png
git commit

显示在目标->构建阶段->拷贝Bundle资源。 和 清除构建文件夹命令+shift+alt+k

这些警告不是构建警告，而是关于SVN存储库的警告。

显示的目录不再存在是正确的，CocoaPods现在将头存储在Pods/ headers /{Private,Public}中。您必须更新工作副本以反映这些更改。

在我的例子中，Xcode以某种方式找到了引用丢失文件的旧.svn目录。我必须在我的项目文件夹上一个级别才能找到那些.svn文件。删除后，我重新启动Xcode，一切正常。