再加上亚历山大·瓦塞宁的答案……

首先，我承诺并推动我的改变

Xcode主菜单>源代码控制>提交

然后我放弃了所有的更改，以摆脱错误

Xcode主菜单>源代码控制>放弃所有更改

在此之后，“文件xxx.png从工作副本中丢失”的错误消失了。

显示在目标->构建阶段->拷贝Bundle资源。 和 清除构建文件夹命令+shift+alt+k

一旦你提交了修改，警告就会消失(Xcode 8)。

就我而言，模拟器中的旧项目数据是错误的。通过在模拟器中重置内容和设置解决:

模拟器->重置内容和设置…

在我的案例中，这是git和不区分大小写的文件系统的问题。

我无意中提交了两次相同的文件，使用的文件路径只在以防万一时不同:

MyProject/Resources/foo.png
MyProject/resources/foo.png

Xcode抱怨丢失了一个文件。

修正删除违规文件，并重新添加。

cd MyProject
mv Resources/foo.png /tmp
git rm Resources/foo.png
git rm resources/foo.png
git commit
mv /tmp/foo.png Resources
git add Resources/foo.png
git commit

在我的例子中，Xcode以某种方式找到了引用丢失文件的旧.svn目录。我必须在我的项目文件夹上一个级别才能找到那些.svn文件。删除后，我重新启动Xcode，一切正常。