在我的案例中，这是git和不区分大小写的文件系统的问题。

我无意中提交了两次相同的文件，使用的文件路径只在以防万一时不同:

MyProject/Resources/foo.png
MyProject/resources/foo.png

Xcode抱怨丢失了一个文件。

修正删除违规文件，并重新添加。

cd MyProject
mv Resources/foo.png /tmp
git rm Resources/foo.png
git rm resources/foo.png
git commit
mv /tmp/foo.png Resources
git add Resources/foo.png
git commit

一旦你提交了修改，警告就会消失(Xcode 8)。

我有同样的问题，并通过简单地将指定的文件从finder拖到项目导航器(确保“复制文件”在对话框中被选中)并提交文件来解决它。

对我来说，以下方法是有效的:

因为我没有也从来没有使用过Git，所以我创建了一个新项目(XCode 8，我看不到通常的“使用Git”或任何标记)。然后我直接删除了这个新项目中的所有文件;转到那个乱七八糟的旧项目，复制项目文件夹中的所有内容，回到新创建的项目，粘贴旧的东西，打开它——所有关于几个月前不存在的文件的警告都消失了。祈祷。

再加上亚历山大·瓦塞宁的答案……

首先，我承诺并推动我的改变

Xcode主菜单>源代码控制>提交

然后我放弃了所有的更改，以摆脱错误

Xcode主菜单>源代码控制>放弃所有更改

在此之后，“文件xxx.png从工作副本中丢失”的错误消失了。

当我还在使用Xcode 7时，我的Xcode项目中有几个文件早就被删除了，我也遇到了类似的问题。

我的解决方案是:

用Xcode抱怨的名字创建文件(他们不需要任何内容) 将文件添加到我的Xcode项目(在Xcode中右键单击我的主项目目录，单击Add files to my_project_name，并选择刚刚创建的文件 选择新添加的文件并删除它们-选择移动到垃圾。

这让我摆脱了警告。