您可以这样做（YAML块）：

~~~
# This is a
# multiline
# comment
...

我只尝试了乳胶输出，请为其他人确认。

这项小型研究证明并完善了马格努斯的答案

最独立于平台的语法是

(empty line)
[comment]: # (This actually is the most platform independent comment)

这两个条件都很重要：

使用#（而不是<>）注释前有空行。注释后的空行对结果没有影响。

严格的Markdown规范CommonMark仅适用于此语法（而不适用于<>和/或空行）

为了证明这一点，我们将使用Alexandre Mutel的Babelmark I。该工具检查大量Markdown实现上特定源代码的呈现。

（+-通过了测试，--没有通过，？-留下一些垃圾，这些垃圾在呈现的HTML中没有显示）。

无空行，使用<>13+15-注释前空行，使用<>20+，8-注释周围的空行，使用<>20+，8-没有空行，使用#13+1？14-注释前空行，使用#23+1？4-注释周围的空行，使用#23+1？4-带有3个连字符1+2的HTML注释？25-来自chl的答案（注意这是不同的语法）

这证明了上述陈述。

这些实现未通过所有7项测试。没有机会对它们使用excluded on render注释。

cebe/markdown 1.1.0cebe/markdown markdown额外1.1.0cebe/markdown GFM 1.1.0s9e\TextFormatter（Fatdown/PHP）

我使用标准的HTML标记，例如

<!---
your comment goes here
and here
-->

注意三点划线。其优点是，在生成TeX或HTML输出时，它可以与pandoc一起工作。有关更多信息，请访问pandoc讨论组。

另一种方法是将注释放在样式化的HTML标记中。这样，您可以根据需要切换它们的可见性。例如，在CSS样式表中定义注释类。

.注释｛display:none；｝

然后，以下增强的MARKDOWN

我们不支持评论

在浏览器中显示如下

我们支持评论

将注释放在非eval、非echo R块中怎么样？即。，

```{r echo=FALSE, eval=FALSE}
All the comments!
```

对我来说似乎很好。

披露：我写了这个插件。

由于问题没有指定特定的markdown实现，我想提到python markdown的Comments插件，它实现了上述相同的pandoc注释样式。