Pandoc有一个选项--删除注释，删除所有<！--html输出中的普通html注释-->。

https://pandoc.org/MANUAL.html#general-写入程序选项

以下方法非常有效

<empty line>
[whatever comment text]::

该方法利用语法通过引用创建链接由于使用[1]创建了链接引用：http://example.org不会呈现，同样，以下任何内容也不会呈现

<empty line>
[whatever]::
[whatever]:whatever
[whatever]: :
[whatever]: whatever
[whatever]: # whatever with spaces

此Markdown注释不会在带有Jekyll的GitHub Pages网站上呈现

[whatever]: text

因为Jekyll使用Liquid模板语言来处理模板，所以这个Liquid注释也不会在使用Jekyll的GitHubPages网站上呈现

{% comment %}
This is a long comment string 

Newline

Stuff
{% endcomment %}

我相信，所有先前提出的解决方案（除了那些需要特定实现的解决方案）都会导致注释包含在输出HTML中，即使它们没有显示出来。

如果你想要一个完全属于你自己的评论（转换文档的读者应该看不到它，即使使用“查看源代码”），你可以（ab）使用核心Markdown规范中提供的链接标签（用于参考样式链接）：

http://daringfireball.net/projects/markdown/syntax#link

即：

[comment]: <> (This is a comment, it will not be included)
[comment]: <> (in  the output file unless you use it in)
[comment]: <> (a reference style link.)

或者您可以进一步：

[//]: <> (This is also a comment.)

为了提高平台兼容性（并节省一次按键），也可以使用#（这是合法的超链接目标）而不是<>：

[//]: # (This may be the most platform independent comment)

为了实现最大的可移植性，在这种类型的注释前后插入一个空行是很重要的，因为某些Markdown解析器在定义碰到常规文本时无法正常工作。Babelmark的最新研究表明，前后空白行都很重要。如果前面没有空行，一些解析器将输出注释，如果后面没有空行则一些解析器将排除以下行。

通常，这种方法应该适用于大多数Markdown解析器，因为它是核心规范的一部分。（即使定义了多个链接时的行为，或定义了链接但从未使用时的行为也未严格指定）。

我使用标准的HTML标记，例如

<!---
your comment goes here
and here
-->

注意三点划线。其优点是，在生成TeX或HTML输出时，它可以与pandoc一起工作。有关更多信息，请访问pandoc讨论组。

将注释放在非eval、非echo R块中怎么样？即。，

```{r echo=FALSE, eval=FALSE}
All the comments!
```

对我来说似乎很好。