以下方法非常有效

<empty line>
[whatever comment text]::

该方法利用语法通过引用创建链接由于使用[1]创建了链接引用：http://example.org不会呈现，同样，以下任何内容也不会呈现

<empty line>
[whatever]::
[whatever]:whatever
[whatever]: :
[whatever]: whatever
[whatever]: # whatever with spaces

以下方法非常有效

<empty line>
[whatever comment text]::

该方法利用语法通过引用创建链接由于使用[1]创建了链接引用：http://example.org不会呈现，同样，以下任何内容也不会呈现

<empty line>
[whatever]::
[whatever]:whatever
[whatever]: :
[whatever]: whatever
[whatever]: # whatever with spaces

另请参见由越来越多的Markdown工具支持的Critic Markup。

http://criticmarkup.com/

Comment {>> <<}

Lorem ipsum dolor sit amet.{>>This is a comment<<}

Highlight+Comment {== ==}{>> <<}

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. {==Vestibulum at orci magna. Phasellus augue justo, sodales eu pulvinar ac, vulputate eget nulla.==}{>>confusing<<} Mauris massa sem, tempor sed cursus et, semper tincidunt lacus.

此Markdown注释不会在带有Jekyll的GitHub Pages网站上呈现

[whatever]: text

因为Jekyll使用Liquid模板语言来处理模板，所以这个Liquid注释也不会在使用Jekyll的GitHubPages网站上呈现

{% comment %}
This is a long comment string 

Newline

Stuff
{% endcomment %}

我使用标准的HTML标记，例如

<!---
your comment goes here
and here
-->

注意三点划线。其优点是，在生成TeX或HTML输出时，它可以与pandoc一起工作。有关更多信息，请访问pandoc讨论组。

kramdown基于Ruby的markdown引擎，这是Jekyll的默认引擎，因此GitHubPages通过其扩展语法内置了注释支持：

{::comment}
This text is completely ignored by kramdown - a comment in the text.
{:/comment}

Do you see {::comment}this text{:/comment}?
{::comment}some other comment{:/}

这样做的好处是允许在线评论，但缺点是不能移植到其他Markdown引擎。