几天来我一直在尝试做同样的事情，我使用的是git2.7.2。子树不会保留历史。

如果不再使用旧项目，可以使用此方法。

我建议你先在B分支机构工作，然后在该分支机构工作。

以下是没有分支的步骤：

cd B

# You are going to merge A into B, so first move all of B's files into a sub dir
mkdir B

# Move all files to B, till there is nothing in the dir but .git and B
git mv <files> B

git add .

git commit -m "Moving content of project B in preparation for merge from A"


# Now merge A into B
git remote add -f A <A repo url>

git merge A/<branch>

mkdir A

# move all the files into subdir A, excluding .git
git mv <files> A

git commit -m "Moved A into subdir"


# Move B's files back to root    
git mv B/* ./

rm -rf B

git commit -m "Reset B to original state"

git push

如果您现在在分区A中记录任何文件，您将获得完整的历史记录

git log --follow A/<file>

这是帮助我做到这一点的帖子：

http://saintgimp.org/2013/01/22/merging-two-git-repositories-into-one-repository-without-losing-file-history/

我想把一个小项目移到一个大项目的子目录中。由于我的小项目没有很多提交，所以我使用了git格式的patch--output directory/path/to/patch dir。然后在更大的项目中，我使用了git-am-directory=dir/in/project/path/to/patch-dir/*。

这感觉比过滤器分支不那么可怕，也更干净。当然，它可能不适用于所有情况。

以下是两种可能的解决方案：

子模块

要么将存储库A复制到较大项目B中的单独目录中，要么（也许更好）将存储库B克隆到项目B的子目录中。然后使用git子模块将此存储库设置为存储库B的子模块。

对于松散耦合的存储库来说，这是一个很好的解决方案，存储库a中的开发仍在继续，而开发的主要部分是a中的独立开发。另请参阅GitWiki上的SubmoduleSupport和GitSubmoduleTutorial页面。

子树合并

您可以使用子树合并策略将存储库A合并到项目B的子目录中。Markus Prinz在《子树合并与你》中描述了这一点。

git remote add -f Bproject /path/to/B
git merge -s ours --allow-unrelated-histories --no-commit Bproject/master
git read-tree --prefix=dir-B/ -u Bproject/master
git commit -m "Merge B project as our subdirectory"
git pull -s subtree Bproject master

（选项--Git>=2.9.0需要允许不相关的历史记录。）

或者你可以使用apenwarr（Avery Pennarun）的git子树工具（GitHub上的存储库），例如，在他的博客文章《git子模块的新替代方案：git子树》中宣布了这一点。

我认为在您的情况下（A是大型项目B的一部分），正确的解决方案是使用子树合并。

https://github.com/hraban/tomono作为基于脚本的解决方案的另一个例子。

我不是作者，但使用了它，它完成了任务。

一个积极的方面是，你将所有分支机构和所有历史记录纳入最终回购。对于我的repo（repo中没有重复的文件夹-实际上，它们来自tfs2git迁移），没有冲突，一切都是自动运行的。

它主要用于（参见名称）创建monoreos。

对于Windows用户：gitbash可以执行.sh文件。它带有标准的git安装。

如果您想将来自存储库B分支的文件放在存储库a的子树中，并保留历史记录，请继续阅读。（在下面的示例中，我假设我们希望回购协议B的主分支合并为回购协议A的主分支。）

在回购协议A中，首先执行以下操作以使回购协议B可用：

git remote add B ../B # Add repo B as a new remote.
git fetch B

现在我们在回购a中创建了一个全新的分支（只有一个提交），我们称之为new_b_root。生成的提交将包含在repo B的主分支的第一次提交中提交的文件，但这些文件放在名为path/to/B-files/的子目录中。

git checkout --orphan new_b_root master
git rm -rf . # Remove all files.
git cherry-pick -n `git rev-list --max-parents=0 B/master`
mkdir -p path/to/b-files
git mv README path/to/b-files/
git commit --date="$(git log --format='%ai' $(git rev-list --max-parents=0 B/master))"

解释：checkout命令的--孤儿选项从A的主分支检出文件，但不创建任何提交。我们可以选择任何提交，因为接下来我们无论如何都要清除所有文件。然后，在尚未提交（-n）的情况下，我们从B的主分支中选择第一个提交。（cherry pick保留了原始的提交消息，而直接签出似乎无法做到这一点。）然后我们创建一个子树，将所有来自repo B的文件放在那里。然后我们必须将cherry stick中引入的所有文件移动到子树中。在上面的示例中，只有一个README文件可以移动。然后我们提交B-repo根提交，同时，我们还保留原始提交的时间戳。

现在，我们将在新创建的new_B_root上创建一个新的B/master分支。我们称新分支为b：

git checkout -b b B/master
git rebase -s recursive -Xsubtree=path/to/b-files/ new_b_root

现在，我们将b分支合并为A/master：

git checkout master
git merge --allow-unrelated-histories --no-commit b
git commit -m 'Merge repo B into repo A.'

最后，您可以删除B个远程和临时分支：

git remote remove B
git branch -D new_b_root b

最终图形的结构如下：

我知道事情已经过去很久了，但我对我在这里找到的其他答案并不满意，所以我写了这样一篇文章：

me=$(basename $0)

TMP=$(mktemp -d /tmp/$me.XXXXXXXX)
echo 
echo "building new repo in $TMP"
echo
sleep 1

set -e

cd $TMP
mkdir new-repo
cd new-repo
    git init
    cd ..

x=0
while [ -n "$1" ]; do
    repo="$1"; shift
    git clone "$repo"
    dirname=$(basename $repo | sed -e 's/\s/-/g')
    if [[ $dirname =~ ^git:.*\.git$ ]]; then
        dirname=$(echo $dirname | sed s/.git$//)
    fi

    cd $dirname
        git remote rm origin
        git filter-branch --tree-filter \
            "(mkdir -p $dirname; find . -maxdepth 1 ! -name . ! -name .git ! -name $dirname -exec mv {} $dirname/ \;)"
        cd ..

    cd new-repo
        git pull --no-commit ../$dirname
        [ $x -gt 0 ] && git commit -m "merge made by $me"
        cd ..

    x=$(( x + 1 ))
done