几天来我一直在尝试做同样的事情，我使用的是git2.7.2。子树不会保留历史。

如果不再使用旧项目，可以使用此方法。

我建议你先在B分支机构工作，然后在该分支机构工作。

以下是没有分支的步骤：

cd B

# You are going to merge A into B, so first move all of B's files into a sub dir
mkdir B

# Move all files to B, till there is nothing in the dir but .git and B
git mv <files> B

git add .

git commit -m "Moving content of project B in preparation for merge from A"


# Now merge A into B
git remote add -f A <A repo url>

git merge A/<branch>

mkdir A

# move all the files into subdir A, excluding .git
git mv <files> A

git commit -m "Moved A into subdir"


# Move B's files back to root    
git mv B/* ./

rm -rf B

git commit -m "Reset B to original state"

git push

如果您现在在分区A中记录任何文件，您将获得完整的历史记录

git log --follow A/<file>

这是帮助我做到这一点的帖子：

http://saintgimp.org/2013/01/22/merging-two-git-repositories-into-one-repository-without-losing-file-history/

我遇到了类似的挑战，但在我的情况下，我们在回购协议a中开发了一个版本的代码库，然后将其克隆到新的回购协议B中，用于新版本的产品。修复了回购协议A中的一些错误后，我们需要将更改FI到回购协议B中

向指向回购a的回购B添加远程（git remote add…）拉动当前分支（我们没有使用master修复错误）（git pull-remoteForRepabugFixBranch）将合并推送到github

工作愉快：）

要在B中合并a：

1） 在项目A中

git fast-export --all --date-order > /tmp/ProjectAExport

2） 在项目B中

git checkout -b projectA
git fast-import --force < /tmp/ProjectAExport

在这个分支中，执行所有需要执行的操作并提交它们。

C） 然后回到主节点，两个分支之间进行经典合并：

git checkout master
git merge projectA

如果要将项目a合并到项目b中：

cd path/to/project-b
git remote add project-a /path/to/project-a
git fetch project-a --tags
git merge --allow-unrelated-histories project-a/master # or whichever branch you want to merge
git remote remove project-a

摘自：git合并不同的存储库？

这种方法对我来说效果很好，它更短，在我看来更干净。

如果您想将project-a放到子目录中，可以使用gitfilter repo（不建议使用过滤器分支）。在上述命令之前运行以下命令：

cd path/to/project-a
git filter-repo --to-subdirectory-filter project-a

合并两个大型存储库，将其中一个放在子目录中的示例：https://gist.github.com/x-yuri/9890ab1079cf4357d6f269d073fd9731

注意：--allow非相关历史参数仅在git>=2.9之后存在。请参阅Git-Git merge文档/-允许不相关的历史记录

更新：按照@jstadler的建议添加了--tags，以便保留标签。

在我的例子中，我有一个插件存储库和一个主项目存储库，我想假装我的插件一直是在主项目的插件子目录中开发的。

基本上，我重写了我的插件存储库的历史，使其看起来所有的开发都发生在插件/我的插件子目录中。然后，我将插件的开发历史添加到主项目历史中，并将两棵树合并在一起。由于主项目存储库中没有插件/my插件目录，所以这是一个简单的无冲突合并。生成的存储库包含两个原始项目的所有历史，并且有两个根。

TL；博士

$ cp -R my-plugin my-plugin-dirty
$ cd my-plugin-dirty
$ git filter-branch -f --tree-filter "zsh -c 'setopt extended_glob && setopt glob_dots && mkdir -p plugins/my-plugin && (mv ^(.git|plugins) plugins/my-plugin || true)'" -- --all
$ cd ../main-project
$ git checkout master
$ git remote add --fetch my-plugin ../my-plugin-dirty
$ git merge my-plugin/master --allow-unrelated-histories
$ cd ..
$ rm -rf my-plugin-dirty

长版本

首先，创建我的插件存储库的副本，因为我们将重写这个存储库的历史。

现在，导航到我的插件库的根目录，检查您的主分支（可能是主分支），然后运行以下命令。当然，你应该替换我的插件和插件，无论你的实际名称是什么。

$ git filter-branch -f --tree-filter "zsh -c 'setopt extended_glob && setopt glob_dots && mkdir -p plugins/my-plugin && (mv ^(.git|plugins) plugins/my-plugin || true)'" -- --all

现在来解释一下。git-filter-branch--tree-filter（…）HEAD对可以从HEAD访问的每个提交运行（…）命令。请注意，这直接对为每次提交存储的数据进行操作，因此我们不必担心“工作目录”、“索引”、“暂存”等概念。

如果您运行的filter branch命令失败，它将在.git目录中留下一些文件，下次尝试filter branch时，它将对此进行投诉，除非您为filter branch提供-f选项。

至于实际的命令，我没有太多的运气让bash执行我想要的，所以我使用zsh-c来让zsh执行一个命令。首先，我设置了extended_glob选项，这是启用mv命令中的^（…）语法的选项，以及glob_dots选项，它允许我使用glob（^（……））选择点文件（例如.gitignore）。

接下来，我使用mkdir-p命令同时创建插件和plugins/my插件。

最后，我使用zsh“negative glob”特性^（.git |插件）来匹配存储库根目录中的所有文件，但.git和新创建的插件文件夹除外。（此处可能不需要排除.git，但尝试将目录移动到自身是错误的。）

在我的存储库中，初始提交不包含任何文件，因此mv命令在初始提交时返回了一个错误（因为没有可移动的内容）。因此，我添加了一个||true，这样gitfilter分支就不会中止。

-all选项告诉filter-branch重写存储库中所有分支的历史记录，而额外的--则需要告诉git将其解释为分支重写选项列表的一部分，而不是filter-branch本身的一个选项。

现在，导航到您的主项目存储库并检查您要合并到的任何分支。添加我的插件存储库的本地副本（已修改其历史记录）作为主项目的远程副本：

$ git remote add --fetch my-plugin $PATH_TO_MY_PLUGIN_REPOSITORY

现在，您的提交历史中将有两个不相关的树，您可以使用以下方法很好地可视化它们：

$ git log --color --graph --decorate --all

要合并它们，请使用：

$ git merge my-plugin/master --allow-unrelated-histories

注意，在2.9.0之前的Git中，--allow unrelated history选项不存在。如果您使用的是这些版本中的一个，只需省略选项：2.9.0中还添加了--allow unrelated histories prevent的错误消息。

您不应该有任何合并冲突。如果您这样做了，这可能意味着filter branch命令无法正常工作，或者主项目中已经存在plugins/my插件目录。

确保为任何未来的贡献者输入一个解释性的提交消息，让他们知道如何进行黑客操作来创建一个具有两个根的存储库。

您可以使用上面的gitlog命令可视化新的提交图，它应该有两个根提交。请注意，只有主分支将被合并。这意味着，如果你在其他我的插件分支上有重要的工作要合并到主项目树中，那么在完成这些合并之前，你应该避免删除我的插件远程。如果您不这样做，那么来自这些分支的提交仍将在主项目存储库中，但有些将无法访问，并且容易受到最终垃圾收集的影响。（此外，您必须通过SHA引用它们，因为删除远程会删除其远程跟踪分支。）

可选地，在您合并了我的插件中要保留的所有内容后，您可以使用以下方法删除我的插件远程：

$ git remote remove my-plugin

现在，您可以安全地删除您更改了其历史记录的插件存储库的副本。在我的例子中，在合并完成并推送后，我还向真正的插件存储库添加了一个弃用通知。

---

在Mac OS X El Capitan上测试了git版本2.9.0和zsh版本5.2。您的里程数可能有所不同。

参考文献：

https://git-scm.com/docs/git-filter-branchhttps://unix.stackexchange.com/questions/6393/how-do-you-move-all-files-including-hidden-from-one-directory-to-anotherhttp://www.refining-linux.org/archives/37/ZSH-Gem-2-Extended-globbing-and-expansion/从Git repo清除文件失败，无法创建新备份git，过滤所有分支上的分支

此函数将远程repo克隆到本地repo目录中，合并后将保存所有提交，git日志将显示原始提交和正确路径：

function git-add-repo
{
    repo="$1"
    dir="$(echo "$2" | sed 's/\/$//')"
    path="$(pwd)"

    tmp="$(mktemp -d)"
    remote="$(echo "$tmp" | sed 's/\///g'| sed 's/\./_/g')"

    git clone "$repo" "$tmp"
    cd "$tmp"

    git filter-branch --index-filter '
        git ls-files -s |
        sed "s,\t,&'"$dir"'/," |
        GIT_INDEX_FILE="$GIT_INDEX_FILE.new" git update-index --index-info &&
        mv "$GIT_INDEX_FILE.new" "$GIT_INDEX_FILE"
    ' HEAD

    cd "$path"
    git remote add -f "$remote" "file://$tmp/.git"
    git pull "$remote/master"
    git merge --allow-unrelated-histories -m "Merge repo $repo into master" --edit "$remote/master"
    git remote remove "$remote"
    rm -rf "$tmp"
}

如何使用：

cd current/package
git-add-repo https://github.com/example/example dir/to/save

如果进行一些更改，您甚至可以将合并的repo的文件/目录移动到不同的路径中，例如：

repo="https://github.com/example/example"
path="$(pwd)"

tmp="$(mktemp -d)"
remote="$(echo "$tmp" | sed 's/\///g' | sed 's/\./_/g')"

git clone "$repo" "$tmp"
cd "$tmp"

GIT_ADD_STORED=""

function git-mv-store
{
    from="$(echo "$1" | sed 's/\./\\./')"
    to="$(echo "$2" | sed 's/\./\\./')"

    GIT_ADD_STORED+='s,\t'"$from"',\t'"$to"',;'
}

# NOTICE! This paths used for example! Use yours instead!
git-mv-store 'public/index.php' 'public/admin.php'
git-mv-store 'public/data' 'public/x/_data'
git-mv-store 'public/.htaccess' '.htaccess'
git-mv-store 'core/config' 'config/config'
git-mv-store 'core/defines.php' 'defines/defines.php'
git-mv-store 'README.md' 'doc/README.md'
git-mv-store '.gitignore' 'unneeded/.gitignore'

git filter-branch --index-filter '
    git ls-files -s |
    sed "'"$GIT_ADD_STORED"'" |
    GIT_INDEX_FILE="$GIT_INDEX_FILE.new" git update-index --index-info &&
    mv "$GIT_INDEX_FILE.new" "$GIT_INDEX_FILE"
' HEAD

GIT_ADD_STORED=""

cd "$path"
git remote add -f "$remote" "file://$tmp/.git"
git pull "$remote/master"
git merge --allow-unrelated-histories -m "Merge repo $repo into master" --edit "$remote/master"
git remote remove "$remote"
rm -rf "$tmp"

通知路径将通过sed替换，因此请确保在合并后将其移动到正确的路径中。--allow非相关历史参数仅在git>=2.9之后存在。