维基百科在这里做了一个比较。

来自Cygwin网站:

Cygwin是一个用于Windows的类似linux的环境。它由两部分组成:DLL (cygwin1.dll)，作为Linux API模拟层，提供大量的Linux API功能。 提供Linux外观的工具集合。

摘自Mingw网站:

MinGW(“Minimalistic GNU for Windows”)是一个免费提供和可自由分发的Windows特定头文件和导入库的集合，结合了GNU工具集，允许人们生成不依赖任何第三方C运行时dll的本地Windows程序

不要忽视AT&T的U/Win软件，该软件旨在帮助您在windows上编译Unix应用程序(最新版本- 2012-08-06;使用Eclipse公共许可证，版本1.0)。

像Cygwin一样，他们必须与图书馆赛跑;在它们的情况下是POSIX.DLL。AT&T的人都是很棒的工程师(同样的团队给你带来了ksh和dot)，他们的东西值得一看。

Cygwin使用兼容层，而MinGW是本地的。这是主要的区别之一。

维基百科在这里做了一个比较。

来自Cygwin网站:

Cygwin是一个用于Windows的类似linux的环境。它由两部分组成:DLL (cygwin1.dll)，作为Linux API模拟层，提供大量的Linux API功能。 提供Linux外观的工具集合。

摘自Mingw网站:

MinGW(“Minimalistic GNU for Windows”)是一个免费提供和可自由分发的Windows特定头文件和导入库的集合，结合了GNU工具集，允许人们生成不依赖任何第三方C运行时dll的本地Windows程序

   MinGW (or MinGW-w64)               Cygwin
   --------------------               ------

   Your program written        Your program written
  for Unix and GNU/Linux      for Unix and GNU/Linux

             |                           |
             |                           |
             V                           V

    Heavy modifications       Almost no modifications

             |                           |
             |                           |
             V                           V

        Compilation                 Compilation

Program compiled with Cygwin ---> Compatibility layer ---> Windows API

Program compiled with MinGW (or MingGW-w64) -------------> Windows API

其他答案已经击中了目标。我只是想增加一个快速捕捉的例子。