MinGW (or MinGW-w64)               Cygwin
   --------------------               ------

   Your program written        Your program written
  for Unix and GNU/Linux      for Unix and GNU/Linux

             |                           |
             |                           |
             V                           V

    Heavy modifications       Almost no modifications

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        Compilation                 Compilation

Program compiled with Cygwin ---> Compatibility layer ---> Windows API

Program compiled with MinGW (or MingGW-w64) -------------> Windows API

维基百科在这里做了一个比较。

来自Cygwin网站:

Cygwin是一个用于Windows的类似linux的环境。它由两部分组成:DLL (cygwin1.dll)，作为Linux API模拟层，提供大量的Linux API功能。 提供Linux外观的工具集合。

摘自Mingw网站:

MinGW(“Minimalistic GNU for Windows”)是一个免费提供和可自由分发的Windows特定头文件和导入库的集合，结合了GNU工具集，允许人们生成不依赖任何第三方C运行时dll的本地Windows程序

   MinGW (or MinGW-w64)               Cygwin
   --------------------               ------

   Your program written        Your program written
  for Unix and GNU/Linux      for Unix and GNU/Linux

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    Heavy modifications       Almost no modifications

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        Compilation                 Compilation

Program compiled with Cygwin ---> Compatibility layer ---> Windows API

Program compiled with MinGW (or MingGW-w64) -------------> Windows API

要在非免费/专有/闭源应用程序中使用Cygwin，您需要向Red Hat支付数万美元的“许可证买断”;这会使标准许可条款失效，并付出相当大的代价。谷歌“cygwin许可证成本”，并看到前几个结果。

对于mingw，不产生这种成本，并且许可证(PD、BSD、MIT)是非常允许的。您最多可能需要在应用程序中提供许可细节，例如使用mingw64-tdm时所需的winpthreads许可。

由Izzy Helianthus提供的编辑:商业许可证不再可用，也不再需要，因为Cygwin的winsup子目录中的API库现在是在LGPL下发布的，而不是完全的GPL。

为了补充其他答案，Cygwin附带了MinGW库和头文件，你可以在不链接到cygwin1.dll的情况下使用-mno-cygwin标志与gcc进行编译。比起使用普通的MinGW和MSYS，我更喜欢这个。

不要忽视AT&T的U/Win软件，该软件旨在帮助您在windows上编译Unix应用程序(最新版本- 2012-08-06;使用Eclipse公共许可证，版本1.0)。

像Cygwin一样，他们必须与图书馆赛跑;在它们的情况下是POSIX.DLL。AT&T的人都是很棒的工程师(同样的团队给你带来了ksh和dot)，他们的东西值得一看。