Cygwin模拟整个POSIX环境，而MinGW是仅用于编译的最小工具集(编译本地Win应用程序)。所以，如果你想让你的项目跨平台，MinGW显然是两个选择之一。

尽管你可能会考虑在Windows上使用VS，在Linux/ unix上使用GCC。大多数开源项目都这样做(例如Firefox或Python)。

Cygwin模拟整个POSIX环境，而MinGW是仅用于编译的最小工具集(编译本地Win应用程序)。所以，如果你想让你的项目跨平台，MinGW显然是两个选择之一。

尽管你可能会考虑在Windows上使用VS，在Linux/ unix上使用GCC。大多数开源项目都这样做(例如Firefox或Python)。

Cygwin使用一个DLL, Cygwin . DLL，(或者可能是一组DLL)在Windows上提供类似posix的运行时。

MinGW编译为本地Win32应用程序。

如果您使用Cygwin构建某个东西，那么您安装它的任何系统也将需要Cygwin DLL。MinGW应用程序不需要任何特殊的运行时。

Cygwin is designed to provide a more-or-less complete POSIX environment for Windows, including an extensive set of tools designed to provide a full-fledged Linux-like platform. In comparison, MinGW and MSYS provide a lightweight, minimalist POSIX-like layer, with only the more essential tools like gcc and bash available. Because of MinGW's more minimalist approach, it does not provide the degree of POSIX API coverage Cygwin offers, and therefore cannot build certain programs which can otherwise be compiled on Cygwin.

就两者生成的代码而言，Cygwin工具链依赖于到大型运行时库cygwin1.dll的动态链接，而MinGW工具链将代码编译为二进制文件，动态链接到Windows原生C库msvcrt.dll，以及静态链接到glibc的某些部分。Cygwin可执行文件因此更紧凑，但需要一个单独的可重新分发的DLL，而MinGW二进制文件可以独立发布，但往往更大。

基于cygwin的程序需要单独的DLL才能运行，这一事实也导致了许可限制。Cygwin运行时库是在GPLv3下授权的，对于具有符合osi的许可证的应用程序有一个链接例外，因此希望围绕Cygwin构建闭源应用程序的开发人员必须从Red Hat获得商业许可证。另一方面，MinGW代码既可以用于开源应用程序，也可以用于闭源应用程序，因为其头文件和库都是经过许可的。

Cygwin使用兼容层，而MinGW是本地的。这是主要的区别之一。

请注意，两者之间的效用行为确实不同。

例如，Cygwin tar可以fork -，因为DLL中支持fork()，而mingw版本则不支持。当试图从源代码编译mysql时，这是一个问题。