Cygwin模拟整个POSIX环境，而MinGW是仅用于编译的最小工具集(编译本地Win应用程序)。所以，如果你想让你的项目跨平台，MinGW显然是两个选择之一。

尽管你可能会考虑在Windows上使用VS，在Linux/ unix上使用GCC。大多数开源项目都这样做(例如Firefox或Python)。

Cygwin is designed to provide a more-or-less complete POSIX environment for Windows, including an extensive set of tools designed to provide a full-fledged Linux-like platform. In comparison, MinGW and MSYS provide a lightweight, minimalist POSIX-like layer, with only the more essential tools like gcc and bash available. Because of MinGW's more minimalist approach, it does not provide the degree of POSIX API coverage Cygwin offers, and therefore cannot build certain programs which can otherwise be compiled on Cygwin.

就两者生成的代码而言，Cygwin工具链依赖于到大型运行时库cygwin1.dll的动态链接，而MinGW工具链将代码编译为二进制文件，动态链接到Windows原生C库msvcrt.dll，以及静态链接到glibc的某些部分。Cygwin可执行文件因此更紧凑，但需要一个单独的可重新分发的DLL，而MinGW二进制文件可以独立发布，但往往更大。

基于cygwin的程序需要单独的DLL才能运行，这一事实也导致了许可限制。Cygwin运行时库是在GPLv3下授权的，对于具有符合osi的许可证的应用程序有一个链接例外，因此希望围绕Cygwin构建闭源应用程序的开发人员必须从Red Hat获得商业许可证。另一方面，MinGW代码既可以用于开源应用程序，也可以用于闭源应用程序，因为其头文件和库都是经过许可的。

Cygwin试图在Windows上创建一个完整的UNIX/POSIX环境。为此，它使用了各种dll。虽然这些dll由GPLv3+覆盖，但它们的许可包含一个异常，该异常不强制派生作品由GPLv3+覆盖。MinGW是一个C/ c++编译器套件，它允许你创建Windows可执行文件而不依赖于这些dll -你只需要正常的MSVC运行时，这是任何正常的微软Windows安装的一部分。

您还可以获得一个类似UNIX/POSIX的小型环境，使用MinGW编译，称为MSYS。它不具备Cygwin的所有功能，但对于想要使用MinGW的程序员来说是理想的。

维基百科在这里做了一个比较。

来自Cygwin网站:

Cygwin是一个用于Windows的类似linux的环境。它由两部分组成:DLL (cygwin1.dll)，作为Linux API模拟层，提供大量的Linux API功能。 提供Linux外观的工具集合。

摘自Mingw网站:

MinGW(“Minimalistic GNU for Windows”)是一个免费提供和可自由分发的Windows特定头文件和导入库的集合，结合了GNU工具集，允许人们生成不依赖任何第三方C运行时dll的本地Windows程序

请注意，两者之间的效用行为确实不同。

例如，Cygwin tar可以fork -，因为DLL中支持fork()，而mingw版本则不支持。当试图从源代码编译mysql时，这是一个问题。

Cygwin是Microsoft Windows的类unix环境和命令行界面。

Mingw是GNU Compiler Collection (GCC)到Microsoft Windows的原生软件移植，以及一组用于Windows API的可自由分发的导入库和头文件。MinGW允许开发人员创建本地Microsoft Windows应用程序。

您可以在没有cygwin环境的情况下运行用mingw生成的二进制文件，前提是提供了所有必要的库(dll)。