Cygwin模拟整个POSIX环境，而MinGW是仅用于编译的最小工具集(编译本地Win应用程序)。所以，如果你想让你的项目跨平台，MinGW显然是两个选择之一。

尽管你可能会考虑在Windows上使用VS，在Linux/ unix上使用GCC。大多数开源项目都这样做(例如Firefox或Python)。

简单来说，它是这样的:

在Cygwin中编译一些东西，你就是在为Cygwin编译它。 在MinGW中编译一些东西，你就是在为Windows编译它。

Cygwin是什么?

Cygwin是一个兼容层，通过模拟基于unix的操作系统提供的许多基本接口，如管道、unix风格的文件和目录访问等，可以很容易地将简单的基于unix的应用程序移植到Windows上，这是POSIX标准所记录的。Cygwin还与GNU编译器集合的一个端口和一些其他工具捆绑在Cygwin环境中。

如果您有使用POSIX接口的现有源代码，那么只需做很少甚至不做任何更改，就可以将其编译为与Cygwin一起使用，这大大简化了将简单的基于IO的Unix代码移植到Windows上的过程。

Cygwin的缺点

使用Cygwin进行编译涉及到将程序与Cygwin运行时环境链接，该环境通常作为动态链接库cygwin1.dll随程序一起分发。这个库是开放源码的，并且要求使用它的软件共享兼容的开放源码许可证，即使您单独发布dll，因为头文件和接口都包含在内。因此，这对如何授权代码施加了一些限制。

MinGW是什么?

MinGW是一个针对本地Windows的GNU编译器工具的发行版，包括GNU编译器集合、GNU Binutils和GNU调试器。还包括头文件和库，允许开发本机Windows应用程序。因此，这将作为微软Visual c++套件的开源替代品。

可以使用MinGW编译一些原本打算用Microsoft Visual c++编译的东西，只做了相对较小的修改。

默认情况下，在MinGW的GCC中编译的代码将编译到本机Windows目标，包括.exe和.dll文件，尽管您也可以通过正确的设置进行交叉编译，因为您基本上使用的是GNU编译器工具套件。

尽管MingW包含一些头文件和接口代码，允许您的代码与Windows API交互，但与常规标准库一样，这不会对您创建的软件施加许可限制。

MinGW的缺点

使用MinGW为Windows编译的软件必须使用Windows自己的API进行文件和IO访问。如果您正在将Unix/Linux应用程序移植到Windows，这可能意味着代码的重大更改，因为POSIX类型API不能再使用。

其他的考虑

For any non-trivial software application, such as one that uses a graphical interface, multimedia or accesses devices on the system, you leave the boundary of what Cygwin can do for you and further work will be needed to make your code cross-platform. But, this task can be simplified by using cross-platform toolkits or frameworks that allow coding once and having your code compile successfully for any platform. If you use such a framework from the start, you can not only reduce your headaches when it comes time to port to another platform but you can use the same graphical widgets - windows, menus and controls - across all platforms if you're writing a GUI app, and have them appear native to the user.

例如，开源Qt框架是一个流行的、全面的跨平台开发框架，允许构建跨操作系统(包括windows)的图形化应用程序。还有其他类似的框架。除了大型框架之外，还有数以千计的更专业的软件库，它们支持多个平台，使您不必担心为不同的平台编写不同的代码。

当您从一开始就开发跨平台软件时，通常没有任何理由使用Cygwin。当在Windows上编译时，你的目标通常是让你的代码可以用MingW或Microsoft Visual C/ c++编译，或者两者都可以。在Linux/*nix上编译时，通常直接使用GNU编译器和工具进行编译。

其他答案已经击中了目标。我只是想增加一个快速捕捉的例子。

Cygwin模拟整个POSIX环境，而MinGW是仅用于编译的最小工具集(编译本地Win应用程序)。所以，如果你想让你的项目跨平台，MinGW显然是两个选择之一。

尽管你可能会考虑在Windows上使用VS，在Linux/ unix上使用GCC。大多数开源项目都这样做(例如Firefox或Python)。

要在非免费/专有/闭源应用程序中使用Cygwin，您需要向Red Hat支付数万美元的“许可证买断”;这会使标准许可条款失效，并付出相当大的代价。谷歌“cygwin许可证成本”，并看到前几个结果。

对于mingw，不产生这种成本，并且许可证(PD、BSD、MIT)是非常允许的。您最多可能需要在应用程序中提供许可细节，例如使用mingw64-tdm时所需的winpthreads许可。

由Izzy Helianthus提供的编辑:商业许可证不再可用，也不再需要，因为Cygwin的winsup子目录中的API库现在是在LGPL下发布的，而不是完全的GPL。

Cygwin是Microsoft Windows的类unix环境和命令行界面。

Mingw是GNU Compiler Collection (GCC)到Microsoft Windows的原生软件移植，以及一组用于Windows API的可自由分发的导入库和头文件。MinGW允许开发人员创建本地Microsoft Windows应用程序。

您可以在没有cygwin环境的情况下运行用mingw生成的二进制文件，前提是提供了所有必要的库(dll)。