如果你对你的DataFrame进行排序，排序将被保留在groupby中。然后，只需获取第一个或最后一个元素并重置索引。

df = pd.DataFrame({
    'sp' : ['MM1', 'MM1', 'MM1', 'MM2', 'MM2', 'MM2', 'MM4', 'MM4','MM4'],
    'mt' : ['S1', 'S1', 'S3', 'S3', 'S4', 'S4', 'S2', 'S2', 'S2'],
    'val' : ['a', 'n', 'cb', 'mk', 'bg', 'dgb', 'rd', 'cb', 'uyi'],
    'count' : [3,2,5,8,10,1,2,2,7]
})

df.sort_values("count", ascending=False).groupby(["sp", "mt"]).first().reset_index()

您可以根据计数对dataFrame进行排序，然后删除重复项。我认为这样更简单:

df.sort_values('count', ascending=False).drop_duplicates(['Sp','Mt'])

In [1]: df
Out[1]:
    Sp  Mt Value  count
0  MM1  S1     a      3
1  MM1  S1     n      2
2  MM1  S3    cb      5
3  MM2  S3    mk      8
4  MM2  S4    bg     10
5  MM2  S4   dgd      1
6  MM4  S2    rd      2
7  MM4  S2    cb      2
8  MM4  S2   uyi      7

In [2]: df.groupby(['Mt'], sort=False)['count'].max()
Out[2]:
Mt
S1     3
S3     8
S4    10
S2     7
Name: count

要获得原始DF的指数，您可以这样做:

In [3]: idx = df.groupby(['Mt'])['count'].transform(max) == df['count']

In [4]: df[idx]
Out[4]:
    Sp  Mt Value  count
0  MM1  S1     a      3
3  MM2  S3    mk      8
4  MM2  S4    bg     10
8  MM4  S2   uyi      7

注意，如果每个组有多个最大值，则将返回所有最大值。

更新

碰碰运气，这就是OP要求的:

In [5]: df['count_max'] = df.groupby(['Mt'])['count'].transform(max)

In [6]: df
Out[6]:
    Sp  Mt Value  count  count_max
0  MM1  S1     a      3          3
1  MM1  S1     n      2          3
2  MM1  S3    cb      5          8
3  MM2  S3    mk      8          8
4  MM2  S4    bg     10         10
5  MM2  S4   dgd      1         10
6  MM4  S2    rd      2          7
7  MM4  S2    cb      2          7
8  MM4  S2   uyi      7          7

在尝试了Zelazny在一个相对较大的DataFrame(约400k行)上建议的解决方案后，我发现它非常慢。下面是我发现的一个替代方案，它在我的数据集上运行速度快了几个数量级。

df = pd.DataFrame({
    'sp' : ['MM1', 'MM1', 'MM1', 'MM2', 'MM2', 'MM2', 'MM4', 'MM4', 'MM4'],
    'mt' : ['S1', 'S1', 'S3', 'S3', 'S4', 'S4', 'S2', 'S2', 'S2'],
    'val' : ['a', 'n', 'cb', 'mk', 'bg', 'dgb', 'rd', 'cb', 'uyi'],
    'count' : [3,2,5,8,10,1,2,2,7]
    })

df_grouped = df.groupby(['sp', 'mt']).agg({'count':'max'})

df_grouped = df_grouped.reset_index()

df_grouped = df_grouped.rename(columns={'count':'count_max'})

df = pd.merge(df, df_grouped, how='left', on=['sp', 'mt'])

df = df[df['count'] == df['count_max']]

df = pd.DataFrame({
'sp' : ['MM1', 'MM1', 'MM1', 'MM2', 'MM2', 'MM2', 'MM4', 'MM4','MM4'],
'mt' : ['S1', 'S1', 'S3', 'S3', 'S4', 'S4', 'S2', 'S2', 'S2'],
'val' : ['a', 'n', 'cb', 'mk', 'bg', 'dgb', 'rd', 'cb', 'uyi'],
'count' : [3,2,5,8,10,1,2,2,7]
})

df.groupby(['sp', 'mt']).apply(lambda grp: grp.nlargest(1, 'count'))

我在很多组操作中都使用了这种函数风格:

df = pd.DataFrame({
   'Sp' : ['MM1', 'MM1', 'MM1', 'MM2', 'MM2', 'MM2', 'MM4', 'MM4', 'MM4'],
   'Mt' : ['S1', 'S1', 'S3', 'S3', 'S4', 'S4', 'S2', 'S2', 'S2'],
   'Val' : ['a', 'n', 'cb', 'mk', 'bg', 'dgb', 'rd', 'cb', 'uyi'],
   'Count' : [3,2,5,8,10,1,2,2,7]
})

df.groupby('Mt')\
  .apply(lambda group: group[group.Count == group.Count.max()])\
  .reset_index(drop=True)

    sp  mt  val  count
0  MM1  S1    a      3
1  MM4  S2  uyi      7
2  MM2  S3   mk      8
3  MM2  S4   bg     10

.reset_index(drop=True)通过删除group-index返回到原始索引。