天哪，这是一个噩梦，我的不同的StackOVerflow答案的合并:

切换到本地解释器/usr/bin/pythonX.X和应用 像上面那样查看路径 找到骷髅的路径。我的是(/home/tim/Desktop/pycharm-community-2016.2.3/helpers/python-skeleton) 切换回virt解释器，并手动添加骷髅路径，如果它没有自动显示。

如果其他解决方案都不适合您，请尝试(备份)并删除~/。PyCharm40文件夹，然后重新打开PyCharm。这也会杀死你所有的偏好设置。

在Mac上，你需要删除~/Library/Caches/Pycharm40和~/Library/Preferences/ Pycharm40。

Windows: C:\Users\$USER.PyCharm40。

当失效缓存或刷新路径不起作用时，我发现自己删除并重新添加远程解释器来修复这个问题。

我使用vagrant，每隔一段时间，如果我添加一个新的虚拟机到我的多虚拟机设置，转发的端口改变，这似乎使PyCharm混淆，当它试图使用错误的SSH端口时。更改端口似乎并不能帮助损坏的引用。

你在使用virtualenv吗?

如果是这样，你需要通知PyCharm所需的python.exe位置的每一次更改(仅./activate对PyCharm来说是不够的)。

确保Pycharm指向正确的解释器和包: 文件->设置->项目->项目解释器。单击齿轮并在virtualenv的脚本文件夹下选择python.exe

你必须把你的根目录标记为: 源根(红色)， 以及您的应用: 排除ROOT(蓝色)。

那么未解决的引用就会消失。如果你使用PyChram pro，它会自动为你做这个。

也可能是python版本问题。我得选对人，才行。