我尝试了几乎所有的解决方案，但没有任何运气。最终解决这个问题的方法是将我选择的平台对应的SQLite.Interop.dll的副本直接放在我的安装项目的根目录下。

我不知道为什么它起作用了，但它确实起了作用。

还添加了dll到测试项目(通过Nuget管理器)，它修复了它。

我在运行Visual Studio Express 2013时也遇到了同样的问题。我尝试了这里和其他地方提到的几种解决方案，但都没有用。我希望这个修正能帮助到其他人。

我通过在测试基于sqlite的服务的测试类上使用deploymenttem属性来修复它。

例子:

[TestClass]
[DeploymentItem(@"x86\SQLite.Interop.dll", "x86")] // this is the key
public class LocalStoreServiceTests
{

    [TestMethod]
    public void SomeTestThatWasFailing_DueToThisVeryIssue()
    {
         // ... test code here
    }
}

这将导致所需的SQLite.Interop.dll被复制到适当的“TestResults”文件夹中的x86目录。

全是绿色的。一切都很好。

扩展Kugel的回答，这对我来说是有效的(VS2015 Enterprise)，利用dll中的SQLite，可以在构建和测试后从主项目中删除Nuget包:

1.安装Nuget包到主项目。

Install-Package System.Data.SQLite

2.构建应用程序并测试Sqlite连接是否正常工作:

select * from sqlite_master

3.从主版本卸载Nuget包。

UnInstall-Package System.Data.SQLite

4.手动删除SQLite和EntityFramework的dll引用:

System.Data.SQLite
System.Data.SQLite.EF6
System.Data.SQLite.Linq

从主项目的“包”中删除Xml引用。配置”XML文件。

这对我来说很有效，使我的项目保持干净。

我知道我来晚了，但在我今天下载了最新的x86/x64(版本1.0.88.0)后，我就遇到了这个问题。我在VS2012中的本地IIS默认运行32位，没有简单的方法切换到x64。我的生产服务器运行64位。

无论如何，我安装了NuGet包到一个DLL项目，我得到了这个错误。为了让它工作，我必须把它安装到主站点项目中。即使它根本不涉及SQLite类。

我的猜测是SQLite使用入口程序集来检测要加载哪个版本的Interop。

复制SQLite.Interop.dll到项目目录。

src\
  project\
      bin\   <-- Past in bin
         x64\
           SQLite.Interop.dll <-- Copy this if 64
         x86\
           SQLite.Interop.dll <-- Copy this if 32