对于遇到这种情况并对GitHub Pull Request行为感到困惑的其他人来说，根本原因是PR是源分支尖端与源分支和目标分支的共同祖先之间的差异。因此，它将显示源分支上直到公共祖先的所有更改，而不会考虑目标分支上可能发生的任何更改。

更多信息请访问:https://developer.atlassian.com/blog/2015/01/a-better-pull-request/

基于共同祖先的差异似乎很危险。我希望GitHub能够提供一个更标准的基于3方合并的PR。

编辑-我从来没有提到我总是使用明显的变通办法来避免由此产生的任何问题。只要定期将你的目标分支合并到你的PR分支中，你就不会遇到任何令人不快的意外。

解决这个问题的一种方法是git在PR中rebase targetbranch。然后git push -force targetbranch，然后Github会显示正确的提交和diff。如果你不知道你在做什么，请小心使用这个。也许先签出一个测试分支来做rebase，然后git diff targetbranch以确保它仍然是你想要的。

这里有一个很好的变通办法。在GitHub中查看PR时，使用Edit按钮将基本分支更改为master以外的内容。然后切换回master，现在它将正确地显示最近提交的更改。

我不太确定这背后的理论。但我得到了这个几次，并能够通过做下面的事情来解决这个问题。

git pull --rebase

这将从您的原始回购主分支获取并合并更改(如果您有指向)

然后你把你的更改强行推到你的github克隆库(目标)

git push -f origin master

这将确保你的github克隆和你的父repo在相同的github提交级别，你不会看到跨分支的任何不必要的更改。

我找到了一种方法来获得正确的行为(在2020年11月测试)。

git合并和解决冲突后，需要使用git merge——continue而不是git commit ....

解决这个问题的偷懒方式: 手动编辑分支中已经在目标分支中的文件，使用从目标分支的文件复制的相同代码，并保存它。它被提交。现在，PR将自动更新您所做的新提交，从而解决问题。