这是一篇很长的文章。请原谅我。归结起来，问题是:是否存在可行的就地基数排序算法?
初步
我有大量固定长度的小字符串，只使用字母“a”，“C”，“G”和“T”(是的，你已经猜到了:DNA)，我想对它们进行排序。
目前，我使用std::sort，它在STL的所有常见实现中使用introsort。这工作得很好。然而，我确信基数排序完全适合我的问题集，在实践中应该工作得更好。
细节
我用一个非常简单的实现测试了这个假设，对于相对较小的输入(大约10,000)，这是正确的(至少快两倍多)。然而，当问题规模变大(N > 5,000,000)时，运行时间会急剧下降。
原因很明显:基数排序需要复制整个数据(实际上在我的简单实现中不止一次)。这意味着我在主存中放置了~ 4 GiB，这显然会降低性能。即使它没有，我也不能使用这么多内存，因为问题的大小实际上会变得更大。
用例
理想情况下，该算法应该适用于2到100之间的任何字符串长度，适用于DNA和DNA5(允许额外的通配符“N”)，甚至适用于具有IUPAC歧义码的DNA(导致16个不同的值)。然而，我意识到所有这些情况都无法涵盖，所以我对我得到的任何速度改进都很满意。代码可以动态地决定向哪个算法分派。
研究
不幸的是，维基百科上关于基数排序的文章是无用的。关于原地变体的部分完全是垃圾。关于基数排序的NIST-DADS部分几乎不存在。有一篇听起来很有希望的论文叫做“高效自适应就地基数排序”，它描述了算法“MSL”。不幸的是，这篇论文也令人失望。
具体来说，有以下几点。
首先，该算法包含了一些错误，并留下了许多无法解释的地方。特别是，它没有详细说明递归调用(我只是假设它增加或减少一些指针来计算当前的移位和掩码值)。此外，它使用函数dest_group和dest_address，但没有给出定义。我不知道如何有效地实现这些(也就是说，在O(1);至少dest_address不是简单的)。
Last but not least, the algorithm achieves in-place-ness by swapping array indices with elements inside the input array. This obviously only works on numerical arrays. I need to use it on strings. Of course, I could just screw strong typing and go ahead assuming that the memory will tolerate my storing an index where it doesn’t belong. But this only works as long as I can squeeze my strings into 32 bits of memory (assuming 32 bit integers). That's only 16 characters (let's ignore for the moment that 16 > log(5,000,000)).
另一篇论文的作者没有给出准确的描述，但它给出了MSL的运行时是次线性的，这是完全错误的。
回顾一下:有没有希望找到一个工作的参考实现，或者至少是一个好的伪代码/描述，一个工作在DNA字符串上的就地基数排序?
