这里有一个我使用的方法，它有效且易于实现。这将需要fpdf和fpdi库，可在此处下载：

FPDF：http://www.fpdf.org/en/download.phpFPDI：https://www.setasign.com/products/fpdi/downloads

require('fpdf.php');
require('fpdi.php');

$files = ['doc1.pdf', 'doc2.pdf', 'doc3.pdf'];

$pdf = new FPDI();

foreach ($files as $file) {
    $pdf->setSourceFile($file);
    $tpl = $pdf->importPage(1, '/MediaBox');
    $pdf->addPage();
    $pdf->useTemplate($tpl);
}

$pdf->Output('F','merged.pdf');

pdfunite可以合并整个PDF。例如，如果您想要file1.pdf中的第2-7页和file2.pdf中的1,3,4页，则必须使用pdfsepart将文件拆分为单独的pdf，以便为每个页面提供给pdfunite。

此时，您可能需要一个具有更多选项的程序。qpdf是我发现的处理PDF的最佳工具。pdftk更大、更慢，Red Hat/Fedora不打包它，因为它依赖于gcj。其他PDF实用程序具有Mono或Python依赖关系。我发现qpdf生成的输出文件比使用pdfseparate和pdfunite将页面组装成30页的输出PDF要小得多，分别为970kB和16450kB。因为它提供了更多的选项，qpdf的命令行并没有那么简单；合并文件1和文件2的原始请求可以使用

qpdf --empty --pages file1.pdf file2.pdf -- merged.pdf

你可以看到使用免费和开源的pdftools（免责声明：我是它的作者）。

它基本上是Latex pdfpages包的Python接口。

要逐个合并pdf文件，您可以运行：

pdftools --input-file file1.pdf --input-file file2.pdf --output output.pdf

要将目录中的所有pdf文件合并在一起，可以运行：

pdftools --input-dir ./dir_with_pdfs --output output.pdf

您可以直接使用convert命令，

e.g.

convert sub1.pdf sub2.pdf sub3.pdf merged.pdf

PdfCpu非常有用：

pdfcpu merge c.pdf a.pdf b.pdf

https://pdfcpu.io/core/merge

您可以使用sejda控制台，免费且开源。解压缩并运行sejda console merge-f file1.pdf file2.pdf-o merged.pdf

它保留了书签、链接注释、acroforms等。实际上，它有很多选项可以使用，只需运行sejda console merge-h即可查看所有选项。