我看过所有类似的问题。然而，我又检查了一遍，确实发生了一些奇怪的事情。
在一台服务器上(Solaris with Git 1.8.1)，我克隆了Git存储库，然后将. Git文件夹复制到我现有的活动文件中。这很好，我可以跑了
git status
then
git diff [filename]
检查任何不同的文件。
在另一台服务器上(Solaris with Git 1.7.6)，我做的完全相同
git diff [filename]
即使文件内容完全不同，也不会显示任何内容。我还测试了添加一个新文件，提交它，然后编辑。同样的问题，git status显示文件已更改，但git diff没有显示任何内容。如果我下载更改后的文件并在本地运行diff，那么我将得到diff输出。
当前回答
我对你的用例的假设:
您有一个包含文件和目录的现有目录，现在希望将其转换为从其他地方克隆的Git存储库，而不需要更改当前目录中的任何数据。
实际上有两种方法。
克隆repo - mv .git - git重置-硬
此方法就是您所做的—将现有存储库克隆到一个空目录中，然后将.git目录移动到目标目录中。为了顺利工作，通常需要运行
git reset --hard
但是，这会改变当前目录中文件的状态。您可以在目录的完整复制/rsync上尝试此操作，并研究有哪些变化。至少之后你应该不再看到git日志和状态之间的差异。
Init新存储库-指向原点
第二种方法不那么麻烦:cd到您的目的地，并用
git init
然后你告诉这个新的存储库，它在其他地方有一个祖先:
git remote add origin original_git_repo_path
然后安全
git fetch origin master
在不更改本地文件的情况下复制数据。现在应该没事了。
我总是推荐第二种更不容易出错的方法。
其他回答
我也遇到过类似的问题。git diff文件没有显示任何内容，因为我将文件添加到git索引中，其中部分名称是大写的:GeoJSONContainer.js。
之后，我将其重命名为GeoJsonContainer.js，并停止跟踪更改。git diff GeoJsonContainer.js没有显示任何东西。我必须用强制标志从索引中删除文件，并再次添加文件:
git rm -f GeoJSONContainer.js
git add GeoJSONContainer.js
我对你的用例的假设:
您有一个包含文件和目录的现有目录，现在希望将其转换为从其他地方克隆的Git存储库，而不需要更改当前目录中的任何数据。
实际上有两种方法。
克隆repo - mv .git - git重置-硬
此方法就是您所做的—将现有存储库克隆到一个空目录中，然后将.git目录移动到目标目录中。为了顺利工作，通常需要运行
git reset --hard
但是，这会改变当前目录中文件的状态。您可以在目录的完整复制/rsync上尝试此操作，并研究有哪些变化。至少之后你应该不再看到git日志和状态之间的差异。
Init新存储库-指向原点
第二种方法不那么麻烦:cd到您的目的地，并用
git init
然后你告诉这个新的存储库，它在其他地方有一个祖先:
git remote add origin original_git_repo_path
然后安全
git fetch origin master
在不更改本地文件的情况下复制数据。现在应该没事了。
我总是推荐第二种更不容易出错的方法。
对我来说，这与文件权限有关。 在我的项目上使用Mac/Linux的人似乎提交了一些具有非默认权限的文件，我的Windows Git客户端未能重现。
我的解决方案是告诉Git忽略文件权限:
git config core.fileMode false
其他见解:如何让Git忽略文件模式(chmod)的更改?
Git diff -a将所有文件视为文本，它为我工作。
我怀疑您的Git安装或存储库有问题。
尝试运行:
GIT_TRACE=2 git <command>
看看能不能找到有用的线索。如果这没有帮助，只需使用strace，看看哪里出了问题:
strace git <command>
