我看过所有类似的问题。然而，我又检查了一遍，确实发生了一些奇怪的事情。
在一台服务器上(Solaris with Git 1.8.1)，我克隆了Git存储库，然后将. Git文件夹复制到我现有的活动文件中。这很好，我可以跑了
git status
then
git diff [filename]
检查任何不同的文件。
在另一台服务器上(Solaris with Git 1.7.6)，我做的完全相同
git diff [filename]
即使文件内容完全不同，也不会显示任何内容。我还测试了添加一个新文件，提交它，然后编辑。同样的问题，git status显示文件已更改，但git diff没有显示任何内容。如果我下载更改后的文件并在本地运行diff，那么我将得到diff输出。
当前回答
有几个原因可以解释为什么git status可能会显示不同，而git diff可能不会。
文件的模式(权限位)发生了变化——例如，从777变为700。 换行风格从CRLF (DOS)到LF (UNIX)
要知道发生了什么，最简单的方法是运行git format-patch HEAD^，看看生成的补丁说了什么。
其他回答
正如在前面的回答中已经提到的，这种情况可能是由于行结束问题(CR/LF vs. LF)而出现的。我用这个命令解决了这个问题(在Git 2.22.0版本下):
git add --renormalize .
根据手册:
--renormalize
Apply the "clean" process freshly to all tracked files to
forcibly add them again to the index. This is useful after
changing core.autocrlf configuration or the text attribute in
order to correct files added with wrong CRLF/LF line endings.
This option implies -u.
有几个原因可以解释为什么git status可能会显示不同，而git diff可能不会。
文件的模式(权限位)发生了变化——例如，从777变为700。 换行风格从CRLF (DOS)到LF (UNIX)
要知道发生了什么，最简单的方法是运行git format-patch HEAD^，看看生成的补丁说了什么。
简短的回答
运行git add有时会有所帮助。
例子
Git状态显示已更改的文件和Git diff显示什么都没有…
> git status
On branch master
Changes not staged for commit:
(use "git add <file>..." to update what will be committed)
(use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)
modified: package.json
no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")
> git diff
>
运行git add可以解决不一致的问题。
> git add
> git status
On branch master
nothing to commit, working directory clean
>
我也遇到过类似的问题。git diff文件没有显示任何内容，因为我将文件添加到git索引中，其中部分名称是大写的:GeoJSONContainer.js。
之后，我将其重命名为GeoJsonContainer.js，并停止跟踪更改。git diff GeoJsonContainer.js没有显示任何东西。我必须用强制标志从索引中删除文件，并再次添加文件:
git rm -f GeoJSONContainer.js
git add GeoJSONContainer.js
我对你的用例的假设:
您有一个包含文件和目录的现有目录，现在希望将其转换为从其他地方克隆的Git存储库，而不需要更改当前目录中的任何数据。
实际上有两种方法。
克隆repo - mv .git - git重置-硬
此方法就是您所做的—将现有存储库克隆到一个空目录中，然后将.git目录移动到目标目录中。为了顺利工作，通常需要运行
git reset --hard
但是，这会改变当前目录中文件的状态。您可以在目录的完整复制/rsync上尝试此操作，并研究有哪些变化。至少之后你应该不再看到git日志和状态之间的差异。
Init新存储库-指向原点
第二种方法不那么麻烦:cd到您的目的地，并用
git init
然后你告诉这个新的存储库，它在其他地方有一个祖先:
git remote add origin original_git_repo_path
然后安全
git fetch origin master
在不更改本地文件的情况下复制数据。现在应该没事了。
我总是推荐第二种更不容易出错的方法。
