jQuery("#menu").click(function(){ return false; });
jQuery(document).one("click", function() { jQuery("#menu").fadeOut(); });

根据http://getbootstrap.com/javascript/#popovers，

<button type="button" class="popover-dismiss" data-toggle="popover" title="Dismissible popover" data-content="Popover Content">Dismissible popover</button>

使用焦点触发器可以在用户下一次单击时取消弹出窗口。

$('.popover-dismiss').popover({
    trigger: 'focus'
})

这个解决方案摆脱了烦人的第二次点击时，显示弹出窗口的第二次

使用Bootstrap v3.3.7进行测试

$('body').on('click', function (e) {
    $('.popover').each(function () {
        var popover = $(this).data('bs.popover');
        if (!popover.$element.is(e.target)) {
            popover.inState.click = false;
            popover.hide();                
        }
    });
});

$(document).on('click', function(e) {
  $('[data-toggle="popover"]').each(function() {
    if (!$(this).is(e.target) && $(this).has(e.target).length === 0 && $('.popover').has(e.target).length === 0) {
      $(this).popover('hide').data('bs.popover').inState.click = false
    }

  });
});

用3.3.6测试，第二次点击是ok的

        $('[data-toggle="popover"]').popover()
            .click(function () {
            $(this).popover('toggle');
        });;

        $(document).on('click', function (e) {
            $('[data-toggle="popover"]').each(function () {
                //the 'is' for buttons that trigger popups
                //the 'has' for icons within a button that triggers a popup
                if (!$(this).is(e.target) && $(this).has(e.target).length === 0 && $('.popover').has(e.target).length === 0) {
                    $(this).popover('hide');
                }
            });
        });

试试这个，点击外面会隐藏。

$('body').on('click', function (e) {
    $('[data-toggle="popover"]').each(function () {
    //the 'is' for buttons that trigger popups
    //the 'has' for icons within a button that triggers a popup
    if (!$(this).is(e.target) && $(this).has(e.target).length === 0 && $('.popover').has(e.target).length === 0) {
    $(this).popover('hide');
    }
    });
});