在Rprofile中使用. libpaths更改R默认库路径。站点无法正常工作

我在Windows上运行R，不是作为管理员。当我安装一个包时，下面的命令不起作用:

> install.packages("zoo")
Installing package(s) into ‘C:/Program Files/R/R-2.15.2/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  'lib = "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"' is not writable

要安装一个包，我必须指定一个库位置:

install.packages("zoo", lib="C:/software/Rpackages")

要加载一个包，我还必须指定库的位置:

library("zoo", lib.loc="C:/software/Rpackages")

所有这些都没问题，但我想看看是否可以将C:/software/Rpackages添加到库路径中，这样就不必每次都输入它了。

当我在网上搜索时，我发现这样做的一种方法是编辑Rprofile。站点文件并添加行

.libPaths("C:/software/Rpackages")

然而，在这样做并启动RStudio之后，这是我得到的输出

> .libPaths()
[1] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library" "C:/Program Files/RStudio/R/library"

我添加到Rprofile的. libpaths命令。网站似乎没有任何效果!为什么会这样呢?或者更重要的是，如何解决这个问题，以便在不输入库位置的情况下安装和加载包?

注意:如果我启动RStudio， .libPaths()命令似乎可以正常工作

.libPaths("C:/software/Rpackages")
> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"

这不是很奇怪吗?

当前回答

通过将代码放在默认工作目录下的. rprofile文件中，我设法解决了这个问题。

首先，我找到了默认工作目录的位置

> getwd()
[1] "C:/Users/me/Documents"

然后，我使用文本编辑器编写了一个简单的.Rprofile文件，其中包含以下一行

.libPaths("C:/software/Rpackages")

最后，当我启动R并运行.libPaths()时，我得到了所需的输出:

> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"
[3] "C:/Program Files/RStudio/R/library"

2013-03-04 06:33:38

其他回答

我通常尝试将所有的包保存在一个库中，但是如果您想添加一个库，为什么不将新的库(必须已经存在于您的文件系统中)附加到现有的库路径中呢?

.libPaths( c( .libPaths(), "~/userLibrary") )
 # obviously this would need to be a valid file directory in your OS
 # min just happened to be on a Mac that day

或者(这将使userLibrary成为第一个放置新包的地方):

.libPaths( c( "~/userLibrary" , .libPaths() ) )

然后我得到(至少回到我最初写这篇文章的时候):

> .libPaths()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library"
[2] "/Users/user_name/userLibrary"

libpaths函数与大多数其他非图形函数略有不同。它通过副作用起作用。Sys. Sys。getenv和Sys。setenv报告和改变R环境变量已经被分开，但是. libpaths可以报告或改变它的目标。

关于R启动过程的信息可以在启动帮助页面上阅读，在https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200549016-Customizing-RStudio上有RStudio材料

在您的案例中，RStudio似乎不尊重Rprofile。站点设置，或者通过从RStudio默认值之一读取. rprofile设置来覆盖它们。还应该提到的是，该操作的结果还将调用的内容追加到. library和. library。站点，这就是为什么RStudio-(或任何其他IDE或网络安装-)托管的R可能会表现出不同的行为的进一步原因。

因为Sys.getenv()返回R进程的当前系统环境，你可以看到库和其他路径:

Sys.getenv()[ grep("LIB|PATH", names(Sys.getenv())) ]

存储和访问包的两个关键是(现在在Linux机器上是不同的):

R_LIBS_SITE                          /usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library
R_LIBS_USER                          /home/david/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5.1/

2013-03-02 04:39:33

getwd()
# [1] "C:/Users/..../software/My R studio"

复制上面的链接，带两个倒置逗号

.libPaths(new="C:/Users/..../software/My R studio")

安装包的默认路径将更改

2016-02-07 13:48:06

我也遇到过同样的问题，我遇到了这个。如果你想创建另一个位置c(" c:/Users/mynewlocation")也应该可以工作。正如这里提到的“您应该能够右键单击Rstudio.exe图标，单击属性，并选择一个选项，始终以管理员身份运行Rstudio。当你想打开Rstudio时，一定要使用相同的图标。”

    myPaths <- .libPaths()   # get the paths
myPaths <- c(myPaths[2], myPaths[1])  # switch them
.libPaths(myPaths)  # reassign them

2022-03-12 09:49:20

如果您的默认包库在安装R的新版本或通过任何其他方式更改了，您可以在下面的命令的帮助下附加这两个库以使用所有包。获取现有库路径:

.libPaths（）

现在，设置现有路径和旧路径:

libPaths (c (libPaths()、“~ - yourOldPath”)

希望能有所帮助。

2016-03-14 07:07:37