在新版的mysql服务器菜谱上面会粉碎“mysql”数据库。 在旧版本中，它是有效的。在new中，一些表切换到INNODB类型，这样做会损坏它们。 最简单的方法是:

转储所有数据库 卸载mysql服务器, 添加remain my.cnf:

    [mysqld]
    innodb_file_per_table=1

删除/var/lib/mysql中的所有文件 安装mysql服务器 恢复用户和数据库

再加上约翰P的回答，

对于linux系统，步骤1-6可以用这些命令完成:

Mysqldump -u [username] -p[root_password] [database_name] > dumpfilename.sql Mysqladmin -u [username] -p[root_password] drop [database_name] sudo /etc/init.d / mysqld停止 Sudo rm /var/lib/mysql/ibdata1 执行rm /var/lib/mysql/ib_logfile* sudo /etc/init.d / mysqld开始 Mysqladmin -u [username] -p[root_password] create [database_name] Mysql -u [username] -p[root_password] [database_name] < dumpfilename.sql . zip

警告:如果你在这个mysql实例上有其他数据库，这些指令将导致你丢失其他数据库。确保修改步骤1、2和6、7以覆盖您希望保留的所有数据库。

ibdata1不收缩是MySQL的一个特别烦人的特性。ibdata1文件实际上无法收缩，除非删除所有数据库、删除文件并重新加载转储。

但是您可以配置MySQL，使每个表(包括其索引)存储为一个单独的文件。这样ibdata1就不会变大。根据Bill Karwin的评论，MySQL 5.6.6版本默认启用了这个功能。

这是一段时间前的事了。然而，要设置你的服务器为每个表使用单独的文件，你需要改变my.cnf来启用这个功能:

[mysqld]
innodb_file_per_table=1

https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/innodb-file-per-table-tablespaces.html

当你想要从ibdata1中回收空间时，你实际上必须删除文件:

做一个mysqldump的所有数据库，过程，触发器等除了mysql和performance_schema数据库 删除除上述2个数据库以外的所有数据库 停止mysql 删除ibdata1和ib_log文件 启动mysql 从转储恢复

在第5步启动MySQL时，将重新创建ibdata1和ib_log文件。

现在你可以走了。在创建用于分析的新数据库时，表将位于单独的ibd*文件中，而不是ibdata1中。由于您通常很快就会删除数据库，ibd*文件将被删除。

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/drop-database.html

你可能看过这个: http://bugs.mysql.com/bug.php?id=1341

通过使用命令ALTER TABLE <tablename> ENGINE=innodb或OPTIMIZE TABLE <tablename>，可以从ibdata1中提取数据和索引页，以分离文件。但是，除非执行上述步骤，否则ibdata1不会收缩。

对于information_schema，没有必要也不可能删除。它实际上只是一堆只读视图，而不是表。并且没有与它们相关的文件，甚至没有数据库目录。informations_schema使用内存db-engine，在停止/重新启动mysqld时删除并重新生成。见https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/information-schema.html。

If you use the InnoDB storage engine for (some of) your MySQL tables, you’ve probably already came across a problem with its default configuration. As you may have noticed in your MySQL’s data directory (in Debian/Ubuntu – /var/lib/mysql) lies a file called ‘ibdata1′. It holds almost all the InnoDB data (it’s not a transaction log) of the MySQL instance and could get quite big. By default this file has a initial size of 10Mb and it automatically extends. Unfortunately, by design InnoDB data files cannot be shrinked. That’s why DELETEs, TRUNCATEs, DROPs, etc. will not reclaim the space used by the file.

我想你可以在那里找到很好的解释和解决方案:

http://vdachev.net/2007/02/22/mysql-reducing-ibdata1/

似乎没有人提到innodb_undo_log_truncate设置可能产生的影响。

在阅读了Percona关于这个主题的博客文章后，我在MariaDB 10.6中启用了截断UNDO LOG条目的功能，它填充了ibdata1的95%，在完全删除和恢复之后，从那时起，ibdata1就不再增长了。

在默认innodb_undo_log_truncate = 0的情况下，我的ibdata1很容易就达到了数据库空间占用的10%，也就是几十gb。

innodb_undo_log_truncate = 1时，ibdata1的大小为76 Mb。

如果您的目标是监视MySQL的空闲空间，而您又不能停止MySQL来缩小ibdata文件，那么可以通过表状态命令来获取它。例子:

MySQL > 5.1.24:

mysqlshow --status myInnodbDatabase myTable | awk '{print $20}'

MySQL < 5.1.24:

mysqlshow --status myInnodbDatabase myTable | awk '{print $35}'

然后将这个值与ibdata文件进行比较:

du -b ibdata1

来源:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/show-table-status.html