我想逐行读取一个大文件(>5GB),而不将其全部内容加载到内存中。我不能使用readlines(),因为它在内存中创建了一个非常大的列表。
当前回答
最好使用迭代器。 相关:fileinput -迭代多个输入流中的行。
从文档中可以看出:
import fileinput
for line in fileinput.input("filename", encoding="utf-8"):
process(line)
这将避免将整个文件一次复制到内存中。
其他回答
blaze项目在过去6年里取得了长足的进展。它有一个简单的API,涵盖了pandas功能的一个有用子集。
dask。Dataframe内部负责分块,支持许多可并行操作,并允许您轻松地将切片导出回pandas,以便在内存中操作。
import dask.dataframe as dd
df = dd.read_csv('filename.csv')
df.head(10) # return first 10 rows
df.tail(10) # return last 10 rows
# iterate rows
for idx, row in df.iterrows():
...
# group by my_field and return mean
df.groupby(df.my_field).value.mean().compute()
# slice by column
df[df.my_field=='XYZ'].compute()
请试试这个:
with open('filename','r',buffering=100000) as f:
for line in f:
print line
我不敢相信这能像@john-la-rooy的回答看起来那么简单。因此,我使用逐行读写重新创建了cp命令。这是疯狂的快。
#!/usr/bin/env python3.6
import sys
with open(sys.argv[2], 'w') as outfile:
with open(sys.argv[1]) as infile:
for line in infile:
outfile.write(line)
下面是加载任何大小的文本文件而不会导致内存问题的代码。 它支持千兆字节大小的文件
https://gist.github.com/iyvinjose/e6c1cb2821abd5f01fd1b9065cbc759d
下载文件data_loading_utils.py并将其导入到代码中
使用
import data_loading_utils.py.py
file_name = 'file_name.ext'
CHUNK_SIZE = 1000000
def process_lines(data, eof, file_name):
# check if end of file reached
if not eof:
# process data, data is one single line of the file
else:
# end of file reached
data_loading_utils.read_lines_from_file_as_data_chunks(file_name, chunk_size=CHUNK_SIZE, callback=self.process_lines)
Process_lines方法是回调函数。它将对所有行调用,参数数据每次表示文件的一行。
您可以根据您的机器硬件配置来配置变量CHUNK_SIZE。
这个怎么样? 将文件划分为块,然后逐行读取,因为当您读取文件时,操作系统将缓存下一行。如果逐行读取文件,则不能有效利用缓存的信息。
相反,将文件划分为块,并将整个块加载到内存中,然后进行处理。
def chunks(file,size=1024):
while 1:
startat=fh.tell()
print startat #file's object current position from the start
fh.seek(size,1) #offset from current postion -->1
data=fh.readline()
yield startat,fh.tell()-startat #doesnt store whole list in memory
if not data:
break
if os.path.isfile(fname):
try:
fh=open(fname,'rb')
except IOError as e: #file --> permission denied
print "I/O error({0}): {1}".format(e.errno, e.strerror)
except Exception as e1: #handle other exceptions such as attribute errors
print "Unexpected error: {0}".format(e1)
for ele in chunks(fh):
fh.seek(ele[0])#startat
data=fh.read(ele[1])#endat
print data
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