为了进一步说明频繁重启的常见策略，我们可以使用littler，它允许我们直接从命令行运行简单的表达式。这里有一个例子，我有时会用不同的BLAS为一个简单的交叉刺计时。

 r -e'N<-3*10^3; M<-matrix(rnorm(N*N),ncol=N); print(system.time(crossprod(M)))'

同样的,

 r -lMatrix -e'example(spMatrix)'

加载Matrix包(通过——packages | -l开关)并运行spMatrix函数的示例。由于总是“新鲜”开始，这个方法在包开发过程中也是一个很好的测试。

最后但并非最不重要的是，r在脚本中使用'#!/usr/bin/r shebang-header。Rscript是little不可用的替代方案(例如在Windows上)。

我从不保存R工作区。我使用导入脚本和数据脚本，并将我不想经常重新创建的任何特别大的数据对象输出到文件。这样，我总是从一个新的工作空间开始，不需要清理大的物体。这是一个很好的函数。

gData包中的llfunction也可以显示每个对象的内存使用情况。

gdata::ll(unit='MB')

For both speed and memory purposes, when building a large data frame via some complex series of steps, I'll periodically flush it (the in-progress data set being built) to disk, appending to anything that came before, and then restart it. This way the intermediate steps are only working on smallish data frames (which is good as, e.g., rbind slows down considerably with larger objects). The entire data set can be read back in at the end of the process, when all the intermediate objects have been removed.

dfinal <- NULL
first <- TRUE
tempfile <- "dfinal_temp.csv"
for( i in bigloop ) {
    if( !i %% 10000 ) { 
        print( i, "; flushing to disk..." )
        write.table( dfinal, file=tempfile, append=!first, col.names=first )
        first <- FALSE
        dfinal <- NULL   # nuke it
    }

    # ... complex operations here that add data to 'dfinal' data frame  
}
print( "Loop done; flushing to disk and re-reading entire data set..." )
write.table( dfinal, file=tempfile, append=TRUE, col.names=FALSE )
dfinal <- read.table( tempfile )

Rm (list=ls())是一种让你保持诚实和保持事物可重复性的好方法。

我真的很欣赏上面的一些答案，遵循@hadley和@Dirk的建议，关闭R并发布源代码，使用命令行，我想出了一个非常适合我的解决方案。我必须处理数百个质谱仪，每个质谱仪占用大约20 Mb的内存，所以我使用了两个R脚本，如下所示:

首先是包装器:

#!/usr/bin/Rscript --vanilla --default-packages=utils

for(l in 1:length(fdir)) {

   for(k in 1:length(fds)) {
     system(paste("Rscript runConsensus.r", l, k))
   }
}

用这个脚本，我基本上控制我的主脚本做什么运行共识。r，然后写出输出的数据答案。这样，每次包装器调用脚本时，似乎会重新打开R并释放内存。

希望能有所帮助。