无耻的“借用”这个SO答案。

你可以用Pandoc做到这一点。

pandoc -s --toc input.md -o input_toc.md 

注意:输入和输出文件的顺序在这里很重要。

Github调味Markdown使用红地毯作为他们的Markdown引擎。 摘自RedCarpet回购:

:with_toc_data -添加HTML锚的每个头在输出HTML， 允许链接到每个部分。

似乎你需要在渲染器级别设置这个标志，这在Github上显然是不可能的。然而，Github Pages的最新更新，似乎自动锚定是为标题打开的，创建可链接的标题。这不是你想要的，但它可能会帮助你更容易地为你的文档创建一个TOC(尽管是手动的)。

可以从README中使用http://documentup.com/自动生成一个网页。md文件。它不是创建TOC，但对于许多人来说，它可能解决了想要创建TOC的原因。

Documentup的另一个替代方案是Flatdoc: http://ricostacruz.com/flatdoc/

我的同事@schmiedc和我已经创建了一个GreaseMonkey脚本，它在h1按钮的左侧安装了一个新的TOC按钮，它使用优秀的markdown-js库来添加/刷新目录。

与doctoc等解决方案相比，它的优势在于集成到GitHub的wiki编辑器中，不需要用户使用命令行(并要求用户安装node.js等工具)。在Chrome中，它通过拖拽到扩展页面来工作，在Firefox中，你需要安装GreaseMonkey扩展。

它将与普通markdown工作(即它不能正确处理代码块，因为这是一个GitHub扩展markdown)。贡献的欢迎。

Gitdown是Github的markdown预处理器。

使用Gitdown你可以:

生成目录 查找失效的url和片段标识符 包括变量 包含文件 获取文件大小 生成徽章 打印日期 打印关于存储库本身的信息

giitdown简化了与维护GitHub存储库文档页面相关的常见任务。

使用它很简单:

var Gitdown = require('gitdown');

Gitdown
    // Gitdown flavored markdown.
    .read('.gitdown/README.md')
    // GitHub compatible markdown.
    .write('README.md');

您可以将其作为一个单独的脚本，也可以将其作为构建脚本例程的一部分(例如Gulp)。

目前还不可能使用markdown语法(参见GitHub上正在进行的讨论)，但是你可以使用一些外部工具，例如:

在线内容表生成器(raychenon/play-table-of-contents) arthurhammer/ GitHub -toc -浏览器扩展，添加一个目录到GitHub回购表

或者使用AsciiDoc代替(例如README.adoc)。

:toc: macro
:toc-title:
:toclevels: 99
# Title

## A

### A2

## B

### B2

正如这条评论所建议的。点击这里查看演示。