可以从README中使用http://documentup.com/自动生成一个网页。md文件。它不是创建TOC，但对于许多人来说，它可能解决了想要创建TOC的原因。

Documentup的另一个替代方案是Flatdoc: http://ricostacruz.com/flatdoc/

无耻的“借用”这个SO答案。

你可以用Pandoc做到这一点。

pandoc -s --toc input.md -o input_toc.md 

注意:输入和输出文件的顺序在这里很重要。

2021年3月更新:GitHub增加了一个官方解决方案

readme现在显示一个ToC，就像你向下滚动它们:

演示:https://github.com/cirosantilli/test-git-web-interface/tree/master/d

它没有在文档中呈现，因为我想要更好的Ctrl + F，但总比没有强。

Also现在也适用于非readme，例如:https://github.com/cirosantilli/test-git-web-interface/blob/master/md.md

他们还添加了一个存储库设置来启用禁用该功能。太奇怪了，谁会想让它失效呢?在https://github.com/cirosantilli/test-git-web-interface/settings下面

目录 自动生成此存储库中Markdown文件的目录。目录将显示在文件顶部附近。

原来的答案

这是不可能的，除了建议的变通办法。

我建议Kramdown TOC扩展和其他可能性support@github.com和Steven!Ragnarök的回复一如既往:

谢谢你的建议和链接。我将把它添加到我们的内部功能请求列表中，供团队查看。

让我们给这个问题投票，直到它发生为止。

另一种解决方法是使用Asciidoc而不是Markdown，后者会渲染toc。现在我的内容已经采用了这种方法。

Github调味Markdown使用红地毯作为他们的Markdown引擎。 摘自RedCarpet回购:

:with_toc_data -添加HTML锚的每个头在输出HTML， 允许链接到每个部分。

似乎你需要在渲染器级别设置这个标志，这在Github上显然是不可能的。然而，Github Pages的最新更新，似乎自动锚定是为标题打开的，创建可链接的标题。这不是你想要的，但它可能会帮助你更容易地为你的文档创建一个TOC(尽管是手动的)。

使用coryfklein/doctoc, thlorenz/doctoc的一个分支，它不会在每个目录中添加“由doctoc生成”。

npm install -g coryfklein/doctoc

在使用Visual Studio Code时，实现mardown文件目录的一个非常方便的方法是扩展名Markdown-TOC。

它可以向现有的markdown文件添加toc，甚至在保存时保持toc的最新状态。