下面是我今天为此编写的shell脚本。可能需要根据你的需要进行调整，但这应该是一个很好的起点。

cat README.md \
    | sed -e '/```/ r pf' -e '/```/,/```/d' \
    | grep "^#" \
    | tail -n +2 \
    | tr -d '`' \
    | sed 's/# \([a-zA-Z0-9`. -]\+\)/- [\1](#\L\1)/' \
    | awk -F'(' '{for(i=2;i<=NF;i++)if(i==2)gsub(" ","-",$i);}1' OFS='(' \
    | sed 's/^####/      /' \
    | sed 's/^###/    /' \
    | sed 's/^##/  /' \
    | sed 's/^#//'

如果有人知道更好的方法来做这些最终的#替换，请添加评论。我尝试了各种各样的方法，但都不满意，所以我就硬着硬着。

大多数其他答案需要安装一些工具。 我找到了一个快速简单的在线解决方案https://imthenachoman.github.io/nGitHubTOC。

对于任何markdown输入，它生成内容输出表。 您可以指定最小和最大标题级别。

源代码位于https://github.com/imthenachoman/nGitHubTOC

Gitdown是Github的markdown预处理器。

使用Gitdown你可以:

生成目录 查找失效的url和片段标识符 包括变量 包含文件 获取文件大小 生成徽章 打印日期 打印关于存储库本身的信息

giitdown简化了与维护GitHub存储库文档页面相关的常见任务。

使用它很简单:

var Gitdown = require('gitdown');

Gitdown
    // Gitdown flavored markdown.
    .read('.gitdown/README.md')
    // GitHub compatible markdown.
    .write('README.md');

您可以将其作为一个单独的脚本，也可以将其作为构建脚本例程的一部分(例如Gulp)。

对于Github的Texteditor Atom，请查看这个很棒的插件(或Atom术语中的“包”)，它可以从解析的markdown文件生成“标题的TOC(目录)”文件:

降价目录

一旦安装为Atom-package，您可以使用快捷键ctrl-alt-c在当前光标位置插入基于markdown-doc-structure的TOC…

截图:

原子Keybindings

markdown-toc为您提供以下默认键绑定来控制Atom中的插件:

ctrl-alt-c =>在光标位置创建TOC ctrl-alt-u =>更新TOC ctrl-alt-r =>删除TOC

插件特性(来自项目的README)

通过锚标记自动链接，例如# A 1→# A -1 深度控制[1-6]使用depthFrom:1和depthTo:6 使用withLinks使能或禁用链接 使用updateOnSave保存时刷新列表 使用有序列表(1. ...， 2. ...) orderedList:0

GitHub Pages(基本上是Jekyll的包装器)似乎使用了kramdown，它实现了所有Maruku，因此通过atoc属性支持自动生成的目录:

* auto-gen TOC:
{:toc}

第一行只是开始一个无序列表，实际上被丢弃了。

这将使用文档中的头文件生成一组嵌套的无序列表。

注意:这应该适用于GitHub页面，而不是评论或wiki页面中使用的GitHub调味Markdown (GFM)。我想这个问题没有解决办法。

可以从README中使用http://documentup.com/自动生成一个网页。md文件。它不是创建TOC，但对于许多人来说，它可能解决了想要创建TOC的原因。

Documentup的另一个替代方案是Flatdoc: http://ricostacruz.com/flatdoc/