我现在遇到了一个关于存储库的问题，尽管我的Git-fu通常很好，但我似乎无法解决这个问题。
当我克隆这个存储库，然后cd到存储库，git状态显示几个文件被更改。注意:我没有在任何编辑器或其他工具中打开存储库。
我试着遵循这个指南:http://help.github.com/dealing-with-lineendings/，但这对我的问题一点帮助都没有。
我试过git checkout。很多次，但似乎什么也没做。
我使用的是Mac，存储库本身没有子模块。
Mac上的文件系统是“Journaled HFS+”文件系统，不区分大小写。这些文件只有一行，每个文件大约79 KB(是的，您没有听错)，因此查看git diff并没有特别有用。我听说过git的全局核心配置。trustctime false，这可能有帮助，当我回到存储库的计算机上时，我会尝试。
我用事实改变了文件系统的细节!我尝试了git配置——全局核心。Trustctime假把戏，效果不太好。
当前回答
我想添加一个关于“为什么”会发生这种情况的更直接的答案，因为关于如何解决它已经有了一个很好的答案。
因此，.gitattributes有一个* text=auto设置，这导致了这个问题。
在我的例子中，GitHub主分支上的文件有\r\n个结尾。我已经拨出了存储库上的设置，以使用\n个结尾签入。但我不知道Git会检查出什么。它应该在我的Linux盒子(\n)上检出本机结尾，但我猜它检出了带有\r\n结尾的文件。Git抱怨是因为它看到了存储库中检出的\r\n个结尾，并警告我它将检入\n个设置。因此文件是“待修改”的。
这是我目前的理解。
其他回答
这个问题也可能由不同的文件权限引起，就像我的情况一样:
新克隆的存储库(Windows, Cygwin):
$ git ls-tree HEAD
100755 blob 8099ea496a2c78d71125d79a05855f60ebf07904 testfile
↑↑↑
裸远程存储库(Linux):
$ git ls-tree HEAD
100644 blob 8099ea496a2c78d71125d79a05855f60ebf07904 testfile
↑↑↑
我想添加一个关于“为什么”会发生这种情况的更直接的答案，因为关于如何解决它已经有了一个很好的答案。
因此，.gitattributes有一个* text=auto设置，这导致了这个问题。
在我的例子中，GitHub主分支上的文件有\r\n个结尾。我已经拨出了存储库上的设置，以使用\n个结尾签入。但我不知道Git会检查出什么。它应该在我的Linux盒子(\n)上检出本机结尾，但我猜它检出了带有\r\n结尾的文件。Git抱怨是因为它看到了存储库中检出的\r\n个结尾，并警告我它将检入\n个设置。因此文件是“待修改”的。
这是我目前的理解。
请执行以下命令。这也许能解决问题。
# Remove everything from the index.
git rm --cached -r .
# Write both the index and working directory from git's database.
git reset --hard
对我来说，问题是在我的MacBook上，我的Mac没有按外壳跟踪。我创建了一个APFS区分大小写的“工作区”分区。在那之后，我不再得到状态错误。
我试图做一个交互式的重基，但它声称有一些修改过的文件，所以它不让我现在做。我尝试了所有方法来恢复一个干净的存储库，但都没用。其他答案都没用。但这最终奏效了……
git rm -rf the-folder-with-modified-stuff
git ci -m 'WAT'
繁荣!干净的存储库。问题解决了。然后，当我执行rebase -i时，我不得不放弃最后一次提交，最后一切都重新干净了。奇怪的!
